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蛋白质是机体免疫防御功能的物质基础，当蛋白质营养不良时，其有关组织器官的结构和功能均受到不同程度的影响。

（一）免疫器官

蛋白质热能营养不良明显影响胸腺及外周淋巴器官的正常结构。且这种损伤是不可逆的，一旦受损其结构和功能恢复极为缓慢。

（二）细胞免疫

蛋白质营养不良时主要影响T淋巴细胞的数量和功能，外周血中T淋巴细胞总数显著减少，对抗原诱导的增殖反应降低。

（三）体液免疫

蛋白质营养不良时，上皮及粘膜组织分泌液中SIgA显著减少，溶菌酶水平下降，使其组织抵抗力降低，甚至可导致感染扩散。