济南市卫生局设10个职能处(室)。
(一)办公室(挂信访处牌子)
协助局领导组织协调机关日常工作，拟定局机关各项工作制度、工作计划；负责机关文秘、信访、档案、机要、保密、保卫、信息、会务、政策研究和综合性文稿的起草工作。
(二)组织人事处(挂统战处牌子)
负责局机关和直属单位党建工作；负责局机关和直属单位的组织、干部、统战和知识分子工作；拟定卫生系统人才发展规划，指导全市卫生事业单位人事制度改革；负责局机关和直属单位的人事、劳动工资管理工作；指导市卫生人才交流服务中心的 工作。
(三)宣传处
负责宣传党和国家有关卫生工作的路线、方针、政策；制定卫生系统思想政治工作规划并组织实施；组织开展社会主义精神文明建设，指导全市卫生人员职业道德建设；负责卫生系统的宣传和新闻报导工作。
(四)规划财务处(挂审计处牌子)
拟定全市卫生事业发展规划及卫生财务管理规章，协调全市卫生资源配置；负责全市卫生贷款项目管理工作，指导预算管理单位的财务、审计、基建、卫生服务价格的管理工作，监督国有资产管理；负责卫生统计工作；指导市卫生局信息化服务中心的 工作。
(五)卫生法制与监督处
拟定地方性卫生法规、规章；负责我市卫生行政处罚案件的立案审核和行政复议工作；负责全市食品卫生、公共卫生、化妆品卫生的监督管理；负责建设工程项目的预防性卫生监督；指导市卫生监督执法大队的工作。
(六)基层卫生与妇幼保健处
拟定全市农村卫生、社区卫生服务的发展规划和服务标准，组织指导初级卫生保健规划的实施；指导城市基层卫生服务体制的改革，拟定妇幼卫生、提高出生人口素质工作的发展规划和技术标准，负责母婴保健工作的监督管理；统筹协调健康教育工 作。
(七)医政处
拟定全市医疗机构发展规划、管理法规和服务标准；组织实施医护人员执业标准、服务规范，监督医疗服务质量；依法监督管理血站的采供血及临床用血；负责医疗广告的技术出证；组织协调医疗事故鉴定，协调处理医疗纠纷；组织重大伤亡事件的医 疗抢救。
(八)疾病控制处(挂市地方病防治办公室牌子)
拟定全市重大传染病、地方病、寄生虫病、慢性非传染性疾病及与公共卫生相关疾病的防治规划、政策措施并组织实施；组织对重大突发疫情、病情实施紧急处置，防止和控制疫情、病情的蔓延。
(九)科技教育与外事处
拟定全市医学科技、卫生教育发展规划；组织督导重大医学科技攻关，指导医学技术创新与科技成果的普及应用工作；开展政府及民间医疗卫生对外交流、合作与援助工作。
(十)干部保健处(挂离退休干部工作处牌子)
负责市保健委员会确定的保健对象的医疗保健工作，指导全市干部保健工作；负责局机关离退休干部管理服务工作，指导直属单位离退休干部管理服务工作。
保留市中医管理局(副局级)、市爱国卫生运动委员会办公室(副局级)、市红十字会办公室，归市卫生局管理，其编制计入市卫生局编制总额之内。
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