以下是我国淡水藻类分类及名称，希望对大家的研究工作有所参考，不当及疏漏之处，请多多指正，谢谢！
蓝藻纲 Cyanophyceae
色球藻目 Chroococcales
色球藻科 Chroococcaceae
微囊藻属 Microcystis
假丝状微囊藻 M. pseudofilamentasa
铜绿微囊藻 M. aeruginosa
边缘微囊藻 M. marginata
不定微囊藻 M. incerta
水华微囊藻 M. flos-aquae
隐球藻属 Aphanocapsa
细小隐球藻 Apha. elachista
美丽隐球藻 Apha. pulchra
隐杆藻属 Aphanothece
灰绿隐杆藻 A. pallida
静水隐杆藻 A. staqnina
粘球藻属 Gloeocapsa
捏团粘球藻 G. magma
点形粘球藻 G. punctata
居氏粘球藻 G. kutzingiana
星球藻属 Asterocapsa
粘杆星球藻 A. gloeothecegormis
紫色星球藻 A. purpurea
粘杆藻属 Gloeothece
线形粘杆藻 G. linearis
棕黄粘杆藻 G.fusco-lutea
色球藻属 Chroococcus
光辉色球藻 Ch. splendidus
束缚色球藻 Ch. Tenax
小型色球藻 Ch. minor
微小色球藻 Ch. minutus
湖沼色球藻 Ch. limneticus
束球藻属 Gomphosphaeria
湖生束球藻 G. lacustris
腔球藻属 Coelosphaerium
柔软腔球藻 C. kuetzingianum
不定腔球藻 C. dubium
立方藻属 Eucapsis
高山立方藻 E. alpina
平裂藻属 Merismopedia
中华平裂藻 M. sinica
优美平裂藻 M. elegans
银灰平裂藻 M. glanca
集胞藻属 Synechocystis
水生集胞藻 S. aquetilis
聚球藻属 Synechococcus
铜绿聚球藻 S. aeruginosus
棒条藻属 Rhabdoderma
线形棒条藻 R. lineare
蓝纤维藻属 Dactylococcopsis
针状蓝纤维藻 D. acicularis
针晶蓝纤维藻 D. rhaphidioides
石囊藻科 Entophysalidaceae
石囊藻属 Entophysalis
强壮石囊藻 E. robusta
管孢藻目 Chamaesiphonales
厚皮藻科 Pleurocapsaceae
拟色球藻属 Chroococcopsis
巨大拟色球藻 Ch. gigantea
异球藻属 Xenococcus
鞘丝异球藻 X. iyngbyge
胶壁异球藻 X. kerneri
厚皮藻属 Pleurocapsa
煤黑厚皮藻 P. fuliginosa
瘤皮藻属 Oncobyrsa
溪生瘤皮藻 O. rivularis
皮果藻科 Derpocarpaceae
皮果藻属 Dermocarpa
圆皮果藻 D. aphaerica
链孢藻属 Clastidium
生毛链孢藻 C. stigerum
管孢藻科 Chamaesiphonaceae
管孢藻属 Chamaesiphon
硬壳管孢藻 Ch. incrustans
弯管孢藻 Ch. curvatus
密囊管孢藻 Ch. confervicola
段殖体目 Hormogonales
蒴链藻科 Capsosiraceae
蒴链藻属 Capsosira
蒴链藻 C. brebissonii
拟珠藻科 Nostochopsidaceae
拟珠藻属 Nostochopsis
裂片拟珠藻 N. labatus
真枝藻科 Stigonemataceae
侧生藻属 Fischerella
中华侧生藻 F. sinica
可疑侧生藻 F. ambigua
真枝藻属 Stigonema
眼状真枝藻 St. ocellatum
绒毛真枝藻 St. tomentosum
小真枝藻 St. minutum
乳头真枝藻 St. mamillosum
软管藻属 Hapalosiphon
眠状软管藻 H. hibernicus
浅黄软管藻 H. luteolus
胶须藻科 Rivulariaceae
须藻属 Homoeothrix
朱氏须藻 H. juliana
溪生须藻 H. fluviatillis
双须藻属 Dichothrix
沉钙双须藻 D. gypsophila
汉氏双须藻 D. Handelii
眉藻属 Calothrix
附生眉藻 C. epiphytica
静水眉藻 C. stagnalis
薄鞘眉藻 C. Brunii
棕眉藻 C. fusca
胶刺藻属 Gloeotrichia
豌豆形胶刺藻 G. pisum
小刺胶刺藻 G. echinulata
浮胶刺藻 G. natans
胶须藻属 Rivularia
坚硬胶须藻 R. dura
双尖藻属 Hammatoidea
中华双尖藻 H. sinensis
尖头藻属 Raphidiopsis
中华尖头藻 R. sinensia
微毛藻科 Microchaetaceae
微毛藻属 Microchate
柔嫩微毛藻 M. tenera
宽裂微毛藻 M. uberrima
管链藻属 Aulosira
宽管链藻 A. laxa
汇合管链藻 A. confluens
伪枝藻科 Scytonemataceae
织线藻属 Plectonema
小织线藻 P. tenue
托马织线藻 P. tomasinianum
带线藻属 Desmonema
郎氏带线藻 D. Wrangelii
聚线藻属 Symphyonema
中华聚线藻 S. sinense
单歧藻属 Tolypothrix
有边单歧藻 T. limbata
亚麻色单歧藻 T. byssoides
柔毛单歧藻 T. lanata
伪枝藻属 Scytonema
霍夫曼伪枝藻 Sc. hofmanni
中华伪枝藻 Sc. sinense
卷曲伪枝藻 Sc. crispum
翅线藻属 Petalonema
具翼翅线藻 P. alatum
念珠藻科 Nostocaceae
项圈藻属 Anabaenopsis
阿氏项圈藻 A. arnoldii
柱孢藻属 Cylindrospermum
静水柱孢藻 C. stagnale
大型柱孢藻 C. majus
藓生柱孢藻 C. muscicola
地衣形柱孢藻 C. lichniforme
束丝藻属 Aphanizomenon
水华束丝藻 A. flos-aquae
念珠藻属 Nostoc
点形念珠藻 N. punctiforme
沼泽念珠藻 N. paludosum
发状念珠藻 N. flagelliforme（发菜）
灰念珠藻 N. muscorum
球形念珠藻 N. sphaericum
普通念珠藻 N. commune(地木耳）
林氏念珠藻 N. linckin
节球藻属 Nodularia
泡沫节球藻 N. spumigena
鱼腥藻属 Anabaena
固氮鱼腥藻 A. azotica
多变鱼腥藻 A. variabilis
螺旋鱼腥藻 A. spiroides
类颤藻鱼腥藻 A. osicellariordes
水华鱼腥藻 A. flos-aquae
卷曲鱼腥藻 A. circinalis
颤藻科 Osicillatoriaceae
螺旋藻属 Spirulina
大螺旋藻 S. maior
颤藻属 Oscillatoria
灿烂颤藻 O. splendida
阿氏颤藻 O. agardhii
清净颤藻 O. sancta
悦目颤藻 O. amoena
美丽颤藻 O. formosa
巨颤藻 O. amphilia
两栖颤藻 O. amphibia
小颤藻 O. tenuis
紫管藻属 Porphyrosiphon
紫管藻 P. notarisii
席藻属 Phormidium
蜂巢席藻 Pho. favosum
层理席藻 Pho. laminosum
鞘丝藻属 Lyngbya
湖泊鞘丝藻 L. limnetic
螺旋鞘丝藻 L. contorta
裂须藻属 Schizothrix
湖沼裂须藻 S. lacustris
广西裂须藻 S. kwangsiensis
束藻属 Symploca
鞘壁束藻 S.maralis
微鞘藻属 Microcolus
沼地微鞘藻 M. paludosus
水鞘藻属 Hydrocoleus
深绿水鞘藻 H. coeruleus
红藻纲 Rhodophyceae
红毛菜目 Bangiaceae
紫球藻科 Porphyridiaceae
紫球藻属 Porphyridium
紫球藻 P.cruentum
红毛菜科 Bangiaceae
红毛菜属 Bangia Lyngbye
淡水红毛菜 Bangia atro-purpurea
美芒藻科 Composopogonaceae
美芒藻属 Composopogon Montagne
深紫美芒藻 Compsopogon coeruleus
红藻亚纲 Florideae
海索面目 Nemalionales
浅川藻科 Chantransiaceae
奥杜藻属 Audouinella
中华奥杜藻 A. sinensis
串珠藻科 Batrachospermaceae
串珠藻属 Batrachospermum
串珠藻 B. moniliforme
链珠藻属 Sirodotia
中华链珠藻 S. sinica
红索藻科 Thoreaceae
红索藻属 Thorea
分支红索藻 Thorea ramosissima
鱼子菜科 Lemaneaceae
鱼子菜属 Lemanea
中华鱼子菜 Lemanea Sinica
海罗目 Cryptonemiales
胭脂藻科 Squamariaceae
胭脂藻属 Hildenbrandia Nardo
河生胭脂藻 H. rivularis
仙菜目 Ceramiales
红叶藻科 Delesseriaceae
鹧鸪菜属 Caloglossa
隐藻门 Cryptophyta
隐藻纲 Cryptophyceae
隐鞭藻科 Cryptomonadaceae
蓝隐藻属 Chroomonas Hansg.
尖尾蓝隐藻 Ch. acuta
隐藻属 Cryptomonas Ehr.
卵形隐藻 C. ovata
啮蚀隐藻 C. erosa
甲藻门 Pyrrophyta
甲藻纲 Pyrrophyceae
纵裂甲藻亚纲 Desmokontae
横裂甲藻亚纲 Dinokontae
裸甲藻目 Gymnodiniaceae
裸甲藻科 Gymnodiniaceae
裸甲藻属 Gymnodinium Stein
裸甲藻 G. aeruginosum
外穴裸甲藻 G. excavatum
多甲藻目 Peridiniales
薄甲藻科 Glenodiniaceae
薄甲藻属 Glenodinium Stein.
光薄甲藻 G. gymnodinium
薄甲藻 G. pulvisculus
多甲藻科 Peridiniales
多甲藻属 Peridinium Ehr.
带多甲藻 P. zonatum
角甲藻科 Ceratiaceae
角甲藻属 Ceratium Schr.
角甲藻 C. hirundinella
金藻纲 Chrysophyceae
金藻目 Chrysomonadales
单鞭金藻科 Chromulinaceae
单鞭金藻属 Chromulina Cienk.
卵形单鞭金藻 C. ovalia
鱼鳞藻科 Mallomonadaceae
鱼鳞藻属 Mallomonas Perty
具尾鱼鳞藻 M. candata
黄群藻科 Synuraceae
黄群藻属 Synura Ehr.
黄群藻 S. urella
棕鞭藻科 Ochromonadaceae
棕鞭藻属 Ochromonas Wyss.
谷生棕鞭藻 O. vallesiaca
锥囊藻属 Dinobryon Ehr.
圆筒锥囊藻 D. cylindricum
根金藻目 Rhizochrysidales
根金藻科 Rhizochrysidaceae
金变形藻属 Chrysamoeba
金星藻属 Chrysidiastrum
双角藻属 Diceras
金钟藻属 Chrysopyxis
烧瓶藻属 Lagynion
金囊藻目 Chrysocapsales
金囊藻科 Chrysocapsaceae
金囊藻属 Chrysocapsa
褐枝藻属 Phaeoplaca
水树藻科 Hydruraceae
水树藻属 Hydrurus
金枝藻目 Chrysotrichales
金枝藻科 Phaeothamniaceae
金枝藻属 Phaeothamnion
金枝藻 P. confervicola
黄藻门 Xanthophyta
黄藻纲 Xanthophyceae
异球藻目 Heterococcales
肋胞藻科 Pleurochloridaceae
角绿藻属 Goniochloris
拟气球藻属 Botrydiopsis
单肠藻属 Monallatus
胶葡萄藻科 Gloeobotrydaceae
胶葡萄藻属 Gloeobotrys
绿囊藻属 Chlorobotrys
柄球藻科 Mischococaceae
柄球藻属 Mischococcus
拟小椿藻科 Characiopsiaceae
拟小椿藻属 Characiopsis
绿匣藻科 Chlorotheciaceae
绿匣藻属 Chlorothecium
黄管藻属 Ophiocytium
黄丝藻目 Heterotrichales
黄丝藻科 Tribonemataceae
黄丝藻属 Heterotrichales
异管藻目 Heterosiphonales
气球藻科 Botrydiaceae
气球藻属 Botrydium
绿胞藻纲 Chloromonadineae
绿胞藻科 Chloromonadaceae
束刺藻属 Merotrichia
周泡藻属 Vacuolaria
膝口藻属 Gonyostomum
硅藻门 Bacillariophyta
中心纲 Centricae
圆筛藻目 Coscinodiscales
圆筛藻科 Coscinodiscaceae
直链藻属 Melosira
变异直链藻 M. varians
颗粒直链藻 M. granulata
冰岛直链藻 M. islandica
意大利直链藻 M. italica
小环藻属 Cyclotella
具星小环藻 C. stelligera
梅尼小环藻 C. meneghiniana
冠盘藻属 Stephanodisus
星形冠盘藻 S. astraea
园筛藻属 Coscinodiscus
湖沼园筛藻 C. lacustris
根管藻目 Rhizoleniales
管形藻科 Solenicaceae
根管藻属 Rhizosolenia
长刺根管藻 R. longiseta
盒形藻目 Biddulphiales
盒形藻科 Biddulphiales
四棘藻属 Attheya
扎卡四棘藻 A. zachariasi
羽纹纲 Pennatae
无壳缝目 Araphidiales
脆杆藻科 Fragilariaceae
四环藻属 Tetracyclus
湖沼四环藻 T. lacustris
平板藻属 Tabellaria
窗格平板藻 T. fenestrata
绒毛平板藻 T. flocculosa
等片藻属 Diatoma
扇形藻属 Meridion
蛾眉藻属 Ceratoneis
脆杆藻属 Fragilaria Lyngby.
针杆藻属 Synedra Ehr.
短壳缝目 Raphidionales
短缝藻科 Eunotiaceae
短缝藻属 Eunotia Ehr.
双壳缝目 Biraphidinales
舟形藻科 Naviculaceae
胸隔藻属 Mastogloia
布纹藻属 Gyrosigma
双壁藻属 Diploneis
肋缝藻属 Frustulia
异菱藻属 Anomoeoneis
美壁藻属 Caloneis
辐节藻属 Stauroneis
羽纹藻属 Pinnularia
舟形藻属 Navicula
桥弯藻科 Cymbellaceae
双眉藻属 Amphora
桥弯藻属 Cymbella
异极藻科 Gomphonemaceae
异极藻属 Gomphonema
单壳缝目 Monoraphidinales
曲壳藻科 Achnanthaceae
卵形藻属 Cocconeis
曲壳藻属 Achnanthes
管壳缝目 Aulonoraphidinales
窗纹藻科 Epithemiaceae
窗纹藻属 Epithemia
棒杆藻属 Rhopalodia
细齿藻属 Denticula
菱形藻科 Nitzschiaceae
菱板藻属 Hantzschia
菱形藻属 Nitzschia
双菱藻科 Surirellaceae
波缘藻属 Cymatopleura
双菱藻属 Surirella
褐藻门 Phaeophyta
同形世代纲 Isogenesatae
水云目 Ectocarpales
石皮藻科 LIthodermataceae
石皮藻属 Lithoderma
层状石皮藻 L. zonatum
黑顶藻目 Sphacelariales
黑顶藻科 Sphacelariaceae
河生黑顶藻 Sphacelariaceae
裸藻门 Euglenophyta
裸藻纲 Euglenophyceae
裸藻目 Euglenales
裸藻科 Euglenaceae
裸藻属 Euglena
绿色裸藻 E. viridis
鳞孔藻属 Lepocinclis
平滑鳞孔藻 L. teres
扁裸藻属 Phacus
颤动扁裸藻 P. osillans
囊裸藻属 Trachelomonas
湖生囊裸藻 Tr. lacustris
陀裸藻属 Strombomonas
河生陀裸藻 Str. fluviatilis
双鞭藻属 Eutreptia
双鞭藻 E. viridis
柄裸藻科 Colaciaceae
柄裸藻属 Colacium
囊状柄裸藻 C. vesiculosum
变胞藻科 Astasiaceae
多形藻属 Distigma
弦月藻属 Menoidium
杆胞藻属 Rhabdomonas
螺肋藻属 Gyropaigne
袋鞭藻科 Peranemaceae
瓣胞藻属 Petalomonas
壶藻属 Urceolus
袋鞭藻属 Peranema
异丝藻属 Heteronema
异鞭藻属 Anisonema
内管藻属 Entosiphon
谢谢!
