从电泳图看，应该是从左数的第2，3，5个样本大小符合，但是据我所知，质粒一般是3条带，我的怎么出现了4条带，有的好像不止4条带，看起来也不像是基因组DNA。
还有一个疑问，为什么这第2，3，5个样本的第一条带不在一个直线上，虽然看起来都是6kb左右，但是感觉大小还是不一样，我跑了几次电泳，都是这样。会不会是跑电泳的问题？如果筛选克隆的话，哪一个样本更好呢？
好郁闷阿，我刚刚开始做分子生物学方面的试验，有好多问题不太明白，希望园友帮我解答，谢谢！！
图片如下：
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汗~~~~~~~~~~确实是不太正常啊！
可以试着做下酶切确定一下。
还有，会不会是有污染了！！
1,一般来说,单纯的质粒电泳没有多大参考价值.
条带在正确的地方固然好,但因为抽提质粒时各人的操作差异,造成CCC/OC/L等多种构型,条带多少不一,亮暗也不一,还有电泳时间的长短造成各条带的移动距离也不一.一般较难判断是对是错.个人感觉这个电泳图跑的时间较短.尽管能分出大小,但习惯上跑开点对分辨差别不大的条带有好处,短胶容易出现误判.
2,一般的质粒不会很大吧
楼主的质粒是6K左右吗?那你最上面两条带比23k还大,应该不是质粒,很可能是细菌基因组,但你说用Omiga试剂盒抽的,该试剂盒俺没用过就不好说什么了.
3,我看1,3,4号尤其是3和4号才是你要的质粒
建议把这两个进行酶切(最好选合适的酶使质粒切成2-3个片段,每个片段大小都对的话就确定无疑)后电泳鉴定.
谢谢bentz！你说的1，3，4号确实是我应该要的质粒（昏头了，把方向数反了）质粒大小确实是6K。
完蛋了，我也不知道会出现这种结果，只有再提质粒跑跑电泳看看。
因为质粒是老外给的，人家只告诉我是NGF，不知道这个连上去的片断是哪个种属的，只有根据片段的大小，选出大小最接近的那个NGF，选择几个酶切位点，但愿不要把目的片断给切下来了，呵呵。下次酶切好了再跑一个电泳给大家看看。
呵呵，再问2个问题：
1.假如样本有污染，混入了基因组DNA，在做酶切的时候会不会有影响？
2.如果质粒跑电泳出现三条带，开环，闭环和超螺旋这三种，一般情况下，三条带之间的分子量差距有多大？
lusy wrote:
谢谢bentz！你说的1，3，4号确实是我应该要的质粒（昏头了，把方向数反了）质粒大小确实是6K。
完蛋了，我也不知道会出现这种结果，只有再提质粒跑跑电泳看看。
因为质粒是老外给的，人家只告诉我是NGF，不知道这个连上去的片断是哪个种属的，只有根据片段的大小，选出大小最接近的那个NGF，选择几个酶切位点，但愿不要把目的片断给切下来了，呵呵。下次酶切好了再跑一个电泳给大家看看。
呵呵，再问2个问题：
1.假如样本有污染，混入了基因组DNA，在做酶切的时候会不会有影响？
2.如果质粒跑电泳出现三条带，开环，闭环和超螺旋这三种，一般情况下，三条带之间的分子量差距有多大？
为什么“但愿不要把目的片段切下来？”
genomic DNA污染基本就在20-30K之间，所以如benz战友所言，很有可能就是基因组DNA。你可以用空的DH5a用同样的步骤（与提质粒同步）做，跑电泳，比较一下就知道是不是gDNA了。
关于不同构象的迁移率，我想没有一个肯定的标准。但最上面那条带比切了后的分子量大一点点（基本差不多）。
载体6k多，是不是还含有目的片段？目的片段大概多大呢？
为了避免gDNA的污染，建议裂解时放冰上，同时时间不要太长。加入solution II后混的动作轻柔点。
知道载体的backbone吗？知道的话找个引物测序，就什么都有了，否则你还是不放心的。
Bless
感谢amberly版主
1.我跑电泳的这几个重组质粒都是转化后挑的克隆，空载体加上目的片断一共是6237bp，据你们分析，确实极有可能是基因组DNA污染。amberly版主提的建议非常好，我决定明天试一试。
2.嗯，提质粒操作很重要，我准备重新提质粒，酶切。
3.样本已经拿去测序了（赶时间的缘故），希望有好的结果。
别着急，你可先做个单酶切，看看条带是否单一，若单一就没问题。
DNA有三条带还是很正常的，分别是超螺旋、开环和线性。我认为线性说法可能不太正确，因为酶切后线性DNA哪有那么大，应该是复制中间体，为两条DNA未分开的结果。若有第四条带才考虑基因组DNA。