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确切病因尚不清楚。一般认为是许多因素的综合作用结果。

1.遗传因素

本病具有一定的种族易感性和家族聚集性，并与免疫遗传标记有关。患者的白细胞抗原HLA的A2、BW46、A11、B17发生频率较高;A2和B17连锁不平衡，B17和B27多同时出现;染色体非整倍体、二倍体和超二倍体发生频率及畸变率均较高，并出现各种异常染色体，自发性姐妹染色单体互换率增高，在EB病毒相关抗体VCAIgA阳性者尤为明显。如居住在其他国家的中国南方人后代仍保持着较高的鼻咽癌发病率，这提示鼻咽癌可能是遗传性疾病。

2.病毒因素

主要为EB病毒，20世纪70年代以来发现EB病毒与鼻咽癌有密切关系。在大部分角化鳞状细胞癌和几乎所有未分化的鳞状细胞癌都有EBV的存在。全世界大部分人在儿童时期均感染过EBV，但只有少部分人成年后有鼻咽癌的发生。EBV致病机理尚不完全清楚。机体免疫系统对EBV感染的控制作用及EBV逃避机体免疫应答的机制，是研究的重点。机体免疫系统对EBV感染的控制作用主要通过细胞免疫来实现，近几年研究表明，EBV不仅能感染B淋巴细胞，还能感染T和/或NK细胞，并产生大量的细胞因子I。

3.环境因素

很多致癌化学物质如亚硝酸胺类、多环芳烃类及微量元素镍等与该病的发病均有一定关系。在广东调查发现，鼻咽癌高发区的大米和水中的微量元素镍的含量较低发区高，在鼻咽癌患者的头发中镍的含量亦较低发区高。动物实验表明：镍能促进亚硝胺诱发鼻咽癌。生活中易接触甲醛的人群也容易患鼻咽癌。也有报道说，食用咸鱼及腌制食物是中国南方鼻咽癌高危因素，且与食咸鱼的年龄、食用的期限额度及烹调方法也有关。在动物试验中，发现维生素A缺乏、性激素缺乏等可能改变鼻咽黏膜对致癌物质的敏感性。

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