口腔疱疹主要是由单纯疱疹病毒和带状疱疹病毒引起的。

单纯疱疹病毒（HSV）是引发口腔疱疹常见的病原体，可分为1型和2型。其中，HSV - 1型感染更为多见，主要引起口腔、唇部及颜面部的疱疹。它可以通过直接接触感染部位或含病毒的分泌物（如唾液）传播。初次感染通常发生在儿童时期，多数为隐性感染，但也可能出现急性疱疹性龈口炎等症状，表现为口腔黏膜上成簇的小水疱，水疱易破溃形成浅表溃疡，伴有疼痛、发热、局部淋巴结肿大等。感染后，病毒会潜伏在三叉神经节等部位，当机体受到发热、疲劳、日晒、月经、情绪紧张等因素影响导致免疫力下降时，潜伏的病毒可被激活，引起复发性疱疹性口炎，一般症状相对较轻，多在口唇周围出现成簇小水疱。

带状疱疹病毒（VZV）也可导致口腔疱疹。该病毒初次感染引起水痘，恢复后病毒潜伏在脊髓后根神经节或脑神经的感觉神经节内。当机体免疫力降低时，病毒被激活并沿神经纤维移行至皮肤和黏膜，引起带状疱疹。在口腔内，可出现单侧分布的水疱，沿神经支配区域排列成带状，疼痛较为剧烈，尤其是老年人和免疫力低下者。与单纯疱疹不同，带状疱疹一般不会复发，且具有自限性，但可能会遗留神经痛等后遗症。

此外，手足口病相关病毒如肠道病毒71型、柯萨奇病毒A组16型等，也可能在口腔内出现疱疹样病变，同时还伴有手、足等部位的皮疹。这些病毒主要通过消化道、呼吸道和密切接触传播，多见于儿童。