表观遗传修饰是指在不改变DNA序列的情况下，通过化学修饰来影响基因表达的一类生物学过程。这些修饰主要发生在染色质上，特别是组蛋白和DNA本身。表观遗传修饰主要包括DNA甲基化、组蛋白的乙酰化、甲基化等。它们能够调节基因活性的方式主要有以下几种：
1. DNA甲基化：这是指在DNA分子上的某些碱基（主要是胞嘧啶）被加上一个甲基团的过程。通常情况下，当启动子区域的DNA高度甲基化时，会抑制相关基因的转录，导致该基因表达水平下降。
2. 组蛋白修饰：组蛋白是构成染色质的基本结构单位——核小体的核心成分。通过对组蛋白尾部进行乙酰化、甲基化等化学修饰可以改变其与DNA之间的相互作用力，进而影响染色质的紧密程度。例如，当组蛋白发生乙酰化时，会减弱它对DNA的结合能力，使得染色质结构变得更为开放，有利于转录因子和其他调控蛋白与DNA接触，从而促进基因表达；相反地，如果组蛋白被去乙酰化，则会使染色质更加紧密，抑制基因转录。
3. 染色体重塑：除了上述直接作用于DNA或组蛋白的修饰外，还有一些蛋白质复合物可以通过改变核小体的位置来影响特定区域的可访问性。这些过程统称为“染色体重塑”。例如，一些ATP依赖性的重塑酶可以移动、置换甚至移除核小体，从而为转录提供更多的空间。

通过上述机制，表观遗传修饰能够精细地调节基因表达模式，在细胞分化、发育以及对环境变化的响应等方面发挥重要作用。