1949年9月张掖分区专员公署设卫生科，1950年5月随分区调整，并于武威分区专署卫生科。1955年张掖专区成立后，专署设卫生组，1958年6月更名为专署卫生局，8月同教育局合并为专署文教卫生部。1959年1月改“部”为“局”，内设卫生组。1965年文教卫生分设，成立专署卫生局，“文革”开始机构瘫痪。1968年3月，地区革命委员会生产指挥部设文教卫生组。1969～1970年8月，医学|教育网搜集整理卫生与民政合署办公，称专区革委会民政卫生局。1970年9月，民政与卫生分设，称地区革委会卫生局。1983年8月，地区卫生局与地区计划生育办公室合并，成立地区卫生计划生育处。1984年后，卫生与计划生育分设，改称地区行署卫生处。2002年11月，撤地设市，原张掖地区行政公署卫生处更名为张掖市卫生局，内设办公室、医政科、疾病预防控制科、基层卫生与妇幼保健科、卫生法制与监督科、地方病办公室、爱卫会办公室、新型农村合作医疗管理办公室。编制26人。

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