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大多数患者在发生肺栓塞后立即自动激活自体纤溶系统以迅速溶解肺血栓，实验研究发现栓塞后21天灌注缺损区完全恢复，说明血栓被纤溶系统完全溶解。
临床应用肺扫描和肺动脉造影研究肺栓塞，在栓塞后8～14天开始溶解。有些患者表现出溶解的时间较晚。少数患者出现反复肺栓塞，或纤溶不适当，栓子未能被完全溶解，渐渐蓄积在肺动脉内，导致慢性肺动脉高压、低氧血症、右心功能衰竭。
这类患者的主要临床症状包括：86%的患者有用力后呼吸困难，平均症状出现的时间2年；79%的患者有血栓性静脉炎，时间1～48年，平均9年；64%的患者有进行性呼吸困难，平均出现的时间14年；50%有咯血，26%有胸痛；21%感觉乏力。
胸片中有主肺动脉扩张，右心室增大，肺野透亮和胸腔渗出。血气的特点是动脉低氧血症和过度通气。心脏超声和右心导管显示慢性肺动脉高压。
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