上海交通大学药学院由上海交通大学和上海医药工业研究院共建，于2000年2月26日成立，是上海交通大学的二级学院。

药学院主要任务是招收和培养本科生、研究生（硕士、博士），学科建设、科学研究、技术开发、成果产业化等。上海交通大学和上海医药工业研究院双方领导和有关人员组成药学院理事会，研究决定学院的发展方向、学科建设、科研开发、成果产业化等重大事项。上海交通大学药学院公共技术实验室由七个实验室组成：公共仪器实验室、动物实验室、细胞实验室、同位素实验室、药物制剂工程实验室、中药提取工程实验室和药物合成实验室。面积约1000平方米。公共技术实验室成立于2005年，主要由“985工程”投资建成。至2007年，总投资近1200万人民币，拥有大型贵重精密仪器设备20余台。典型的测试仪器有液质联用仪医|学教育网、毛细管电色谱仪、分析及制备高效液相色谱仪、蛋白纯化仪、流式细胞仪、超速离心机、荧光显微镜、光学显微镜、核酸蛋白分析仪、基因测序仪等多种类型的测试仪器。