南京中医药大学的学科建设：

截止2014年6月，学校建有3个国家重点学科、2个国家重点（培育）学科、4个江苏省高校优势学科建设工程、14个国家中医药管理局“十一五”重点学科、19个国家中医药管理局“十二五”重点学科、8个江苏省重点学科医学教|育网搜集整理。拥有中医学、中药学、中西医结合3个博士后科研流动站，25个博士点（一级学科博士学位点3个、二级学科博士学位点22个）和44个硕士点（一级学科硕士学位点5个、二级学科硕士学位点39个），博士点覆盖中医、中药、中西医结合所有二级学科，具有博士生导师自审权和主干学科专业的教授评审权。学校还是国务院学位办、教育部、卫生部、国家中医药管理局授予的临床医学博士、硕士专业学位试点单位，具有在职人员申请硕士学位的授予权。

一级学科博士学位点（3个）：中医学、中西医结合、中药学

一级学科硕士学位点（5个）：中医学、中西医结合、中药学、药学、护理学

二级学科博士学位点（31个含17个自主设置学科）：中医学（17个含5个自主设置学科）、中西医结合（6个含4个自主设置学科）、中药学（8个自主设置学科）

二级学科硕士学位点（42个含10个自主设置学科，另有10个专业可授予专业学位）：中医学（18个含6个自主设置学科）另有7个专业可授予专业硕士、中西医结合（7个含5个自主设置学科）另有1个专业可授予专业硕士、中药学（8个自主设置学科，1个专业硕士学位授权点）、药学（6个）、临床医学（2个）另有2个专业可授予专业硕士、公共管理（1个）

国家重点学科（3个）：中药学、中医医史文献、中医儿科学

国家重点（培育）学科（2个）：中医学、中医内科学

江苏省高校优势学科建设工程（4个）：中医学、中药学、中西医结合、护理学

国家中医药管理局“十一五”重点学科（14个）：方剂学、温病学、中医儿科学、中医妇科学、中医肝胆病学、针灸学、药用植物学、中药药理学、中药炮制学、中医医史文献学、中医护理学、中医脾胃病学、中医肾病学、中医肛肠病学

国家中医药管理局“十二五”重点学科（19个）：伤寒学、中医诊断学、临床中药学、中西医结合基础、中医痹病学、中医肿瘤学、中医骨伤科学、中医耳鼻喉科学、中医养生学、推拿学、中药药剂学、中药化学、中药资源化学、中医药信息学、中医文化学、中医药管理学、中医皮肤病学、中西医结合临床、中医心病学

江苏省重点学科（8个）：中医临床基础、方剂学、中医诊断学、中医内科学、中医外科、中医妇科、针灸推拿学