最近要做一个蛋白质的降解途径，使用溶媒体抑制剂－leupeptin和chloroquine得到的结果不一样，chloroquine抑制lysosomal以后蛋白同样降解了，而用leupeptin抑制lysosomal以后蛋白降解被抑制了，两者同为溶酶体的抑制剂，leupeptin通过抑制溶酶体的抑制·蛋白酶起作用，而chloroquine通过改变溶酶体的pH值起作用，为什么会得到相反的结果，哪个更可信，哪个抑制的专一性更强，希望同行交流一下。
正如你所说，两者的抑制机制是不同的，因此才产生不同的结果。
leupeptin是直接抑制溶酶体中的蛋白酶，可以改变蛋白酶的结构或使其变性，从而彻底失去水解蛋白的活性。chloroquine改变的是溶酶体内的pH值，也就是改变了酶促反应的环境，使之不利于反应的进行；从酶促反应动力学上说，就是改变了催化反应的一系列常数导致反应速率的降低，而并不能改变最终的结果。因此，chloroquine抑制溶酶体的效果是减缓蛋白的降解，而leupeptin则是完全阻止反应的进行。
具体用哪种抑制剂，还是根据你的需要而定。
谢谢楼上的回答，你说的很有道理，从表观上看我的结果是这样子的，用chloroquine抑制效果非常不明显，只是在很高浓度的时候才有抑制（40uM），而用leupeptin在较低浓度的时候也有抑制（10uM）,而且效果很明显。但是，我用MG－132抑制蛋白酶体也能抑制该蛋白的降解，这样就出现问题了：第一，细胞受到某细胞因子的刺激导致某蛋白的下调会通过两条途径降解吗？第二，会不会是是由于leupeptin不是专一性抑制溶媒体，leupeptin是一种丝氨酸和半胱氨酸蛋白酶，除了抑制蛋白酶体的酶以外，还可以抑制一些其他的蛋白酶，比如calpain等，所以用leupeptin抑制的结果不如通过改变pH起作用的chloroquine可信。
MG-132也能抑制该蛋白的降解，其原因很可能是如你分析的那样，因为细胞受到某细胞因子的刺激通过两种途径导致某蛋白的下调的可能性不大。但是，chloroquine的专一性也未必比leupeptin高，因为pH的改变对于酶促反应的影响也是普遍的，很可能也是抑制了很多其它的蛋白酶。
谢谢amygdala的回答，我分析通过两条途径的降解也不是没有可能，因为用PCR做出来该蛋白的转录水平没有什么变化，那么可能就是降解的。但是。蛋白质在细胞内可能是一个动态平衡，即合成与降解的平衡，那么可不可能是维持一般的动态平衡是一条途径，而应对外界刺激是另外一条降解途径，如果有这种可能，怎么用实验证明。
我觉得这种可能还是存在的，但不确定如何能最好的证明。还是抛砖引玉，看看别人的见解吧！
