为了准确回答您的问题，我需要先假设一个具体的疾病背景，因为不同的病症其致病菌和微生物学检查方法会有所不同。这里以社区获得性肺炎（Community-acquired pneumonia, CAP）为例进行说明。

该病的常见致病菌包括：肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、卡他莫拉菌、肺炎支原体、肺炎衣原体等。其中，肺炎链球菌是最常见的致病菌之一，尤其在儿童和老年人中更为多见。此外，随着抗生素使用的增加，耐药性问题也日益突出，因此了解当地细菌的耐药情况对于选择合适的治疗方案至关重要。

进行微生物学检查的方法主要有以下几种：
1. 痰液培养：这是最常用的一种方法。患者需要深咳并收集早晨的第一口痰用于检测。实验室会对样本进行涂片染色（如革兰氏染色），以初步判断可能的病原体类型，随后将样本接种到适当的培养基上，在适宜条件下孵育，观察是否有细菌生长，并对生长出的菌落进行鉴定。
2. 血液培养：对于重症肺炎患者或者怀疑有败血症的情况，应同时做血液培养。通过抽取静脉血样，置于特殊的培养瓶中，以检测是否存在循环中的病原微生物。
3. 尿抗原检测：针对某些特定类型的肺炎（如由肺炎链球菌或军团菌引起的），可以采用快速尿液抗原测试来辅助诊断。
4. 呼吸道分泌物PCR检测：随着分子生物学技术的发展，利用聚合酶链反应(PCR)对呼吸道标本中的病原体DNA进行扩增和分析成为可能。这种方法具有高灵敏度、特异性强的特点，对于快速识别病原体非常有帮助。

在实际操作过程中，医生会根据患者的具体情况选择合适的检查方法，并结合临床表现和其他辅助检查结果综合判断病因。