胃肠激素主要通过以下几种方式调节胃肠道功能：首先是内分泌方式，这是胃肠激素发挥作用的重要途径之一。胃肠内分泌细胞分泌的激素直接进入血液循环，通过血液运输到达靶细胞，从而调节其功能。例如，胃泌素由胃窦和十二指肠的G细胞分泌后，进入血液循环，随血流到达胃腺，刺激胃酸和胃蛋白酶原的分泌，促进胃的消化功能。同时，它还能促进胃肠道黏膜的生长和维持其完整性。

旁分泌也是常见的调节方式。胃肠激素可以通过细胞间液扩散到邻近的靶细胞，对其功能进行调节。比如生长抑素，它由胃肠道黏膜中的D细胞分泌，能够以旁分泌的方式作用于邻近的胃泌素分泌细胞（G细胞），抑制胃泌素的分泌，进而间接调节胃酸的分泌，起到局部调节的作用，维持胃肠道内环境的稳定。

神经分泌同样不可忽视。一些胃肠激素可以作为神经递质或神经调质，由神经末梢释放后作用于靶细胞。如血管活性肠肽，它可以作为一种神经递质，参与胃肠道的神经调节。当神经系统受到刺激时，含有血管活性肠肽的神经末梢释放该激素，作用于胃肠道平滑肌和腺体，引起平滑肌舒张、腺体分泌增加等效应，调节胃肠道的运动和分泌功能。

此外，还有腔分泌方式，胃肠激素可以分泌到胃肠腔内发挥作用。虽然这种方式的具体机制和生理意义还在进一步研究中，但已有研究表明，某些胃肠激素在肠腔内可能参与食物的消化和吸收过程的调节。胃肠激素通过这些不同的调节方式，相互协调、相互制约，共同维持胃肠道正常的消化、吸收、运动等功能。