牙源性囊肿是指牙齿形成器官的上皮或上皮剩余发生的一组囊肿，它们可以是发育性的，也可以是炎症性的。其病因主要有以下几个方面。

发育性因素在牙源性囊肿的形成中起着重要作用。在牙齿发育过程中，若成釉器发育异常，就可能引发囊肿。比如牙源性角化囊肿，它来源于原始的牙胚或牙板残余。在牙齿发育早期，牙板是形成牙胚的重要结构，当牙板在退化过程中出现残留且异常增殖时，就可能逐渐形成囊肿。含牙囊肿则是由于缩余釉上皮与牙冠面之间出现液体渗出和蓄积而形成，它通常发生于牙冠或牙根形成之后，在缩余釉上皮和牙冠之间出现液体渗出，逐渐使囊腔扩大，最终形成囊肿。

炎症性因素也是牙源性囊肿的常见病因。根尖周囊肿是最常见的炎症性牙源性囊肿，主要由根尖周肉芽肿发展而来。当牙齿发生龋坏、外伤等情况导致牙髓感染，炎症若未得到及时控制，会向根尖周组织扩散，形成根尖周肉芽肿。在炎症的长期刺激下，根尖周的牙周膜内的上皮剩余细胞会增生，增生的上皮团中央发生变性与液化，周围组织液不断渗出，逐渐形成囊肿。另外，当牙齿发生慢性炎症时，炎症刺激会导致牙周膜内的上皮剩余细胞增殖，进而可能形成囊肿。

此外，遗传因素在某些牙源性囊肿的发生中也可能有一定影响。虽然目前关于牙源性囊肿的遗传机制尚未完全明确，但一些研究发现某些牙源性囊肿可能具有家族聚集性，提示遗传因素可能参与其中。环境因素如口腔卫生不良、饮食习惯等，可能增加牙齿发生龋坏和炎症的风险，间接促进牙源性囊肿的形成。例如，长期摄入高糖食物且不注意口腔清洁，会导致细菌在口腔内大量繁殖，增加牙齿患龋的几率，进而可能引发根尖周炎症，最终发展为囊肿。