影响口腔黏膜健康的因素是多方面的，主要可分为内在因素和外在因素。

内在因素包括全身系统性疾病、营养缺乏、内分泌变化、遗传因素、免疫因素等。许多全身系统性疾病会在口腔黏膜上有所表现。例如，糖尿病患者由于血糖控制不佳，容易引发口腔黏膜感染，出现黏膜溃疡且不易愈合。营养缺乏也会影响口腔黏膜健康，像缺乏维生素B族会导致口角炎、舌炎等；缺铁会引起黏膜苍白、萎缩等。内分泌变化在女性生理期、孕期较为明显，激素水平的改变可能导致口腔黏膜敏感性增加，出现牙龈肿胀、口腔溃疡等问题。遗传因素在某些口腔黏膜疾病中起着重要作用，如遗传性良性类天疱疮等。免疫因素方面，当免疫系统异常时，可能攻击自身口腔黏膜组织，引发扁平苔藓、天疱疮等疾病。

外在因素主要有物理性损伤、化学性刺激、微生物感染等。物理性损伤包括咬伤、烫伤、刷牙用力过猛等。不小心咬到口腔黏膜可能导致局部破损、溃疡；过热的食物会烫伤黏膜，破坏其完整性。化学性刺激常见于使用刺激性强的牙膏、漱口水，或误食有毒有害化学物质。这些化学物质会直接损伤口腔黏膜，引起疼痛、红肿等症状。微生物感染是常见的影响因素，细菌、病毒、真菌等都可能引发口腔黏膜疾病。例如，单纯疱疹病毒可引起口腔疱疹；白色念珠菌感染会导致鹅口疮。此外，不良的口腔卫生习惯会使口腔内细菌滋生，增加口腔黏膜感染的风险。长期吸烟、酗酒也会对口腔黏膜造成慢性刺激，增加患口腔黏膜癌的几率。