根管外科手术是针对常规根管治疗效果不佳或无法进行常规根管治疗时所采用的一种治疗手段，其目的主要体现在以下几个方面。

首先是去除根管内的感染源。当根管系统存在复杂的解剖变异，如根管侧支、根尖分歧等，常规根管治疗器械难以到达并彻底清理这些部位，导致感染物质残留。根管外科手术可以直接暴露根尖区域，通过切除根尖、刮除根尖周病变组织等操作，将根管内及根尖周的感染源彻底清除，为组织的愈合创造良好的条件。

其次是修复根管解剖结构的缺陷。在根管治疗过程中，可能会出现根管侧穿、根折等并发症，或者由于根管钙化等原因导致根管预备和充填不彻底。根管外科手术可以对这些解剖结构的缺陷进行修复，如使用生物相容性材料封闭根管侧穿处、对根折部位进行固定等，恢复根管的正常解剖形态和功能。

再者是促进根尖周病变的愈合。对于一些长期不愈合的根尖周病变，如根尖囊肿、根尖肉芽肿等，根管外科手术可以去除病变组织，消除炎症刺激，同时改善根尖周组织的血运，促进新生组织的生长和修复，从而达到治愈根尖周病变的目的。

另外，对于一些因牙体缺损过大、无法进行桩核冠修复，但牙根条件尚可的患牙，根管外科手术可以保留牙根，为后期的义齿修复提供基础，避免了拔牙带来的一系列问题，如牙槽骨吸收、邻牙移位等。

最后，根管外科手术还可以用于诊断。当临床症状和影像学检查结果不明确，无法准确判断根尖周病变的性质和范围时，通过手术探查可以直接观察根尖周组织的情况，明确诊断，为进一步的治疗提供依据。

综上所述，根管外科手术的目的是多方面的，主要是为了去除感染、修复解剖结构、促进病变愈合、保留患牙以及明确诊断，以提高牙齿的保存率和患者的口腔健康水平。