在选择抗菌药物时，需要综合考虑以下几个方面的因素：
1. 病原菌的种类和敏感性：首先需要明确感染是由哪种病原体引起的，并了解该病原体对抗菌药物的敏感程度。这通常需要通过实验室检查如细菌培养及药敏试验来确定。
2. 感染部位和严重程度：不同部位的感染可能需要选择不同的抗菌药物，因为有些药物在体内分布的特点决定了它们更适合用于特定区域的治疗。同时，根据病情轻重调整给药剂量与疗程也很重要。
3. 药物的吸收、分布、代谢和排泄特性：即所谓的“ADME”过程。了解所选抗菌药物在这四个方面的特点有助于合理制定用药方案，确保达到有效的血药浓度并减少不良反应的发生几率。
4. 患者个体差异：包括年龄、性别、体重、肝肾功能状态等都会影响到药物的选择和使用方式。例如儿童与成人使用的剂量可能会有所不同；对于有肝脏或肾脏疾病的患者，则需要调整给药方案以避免药物蓄积导致毒性增加。
5. 过敏史及其他疾病状况：了解患者是否有对某种抗菌药物的过敏反应历史，以及是否患有其他可能影响药物选择的基础性疾病（如心脏病、糖尿病等）。
6. 抗菌药物的成本效益比：在保证疗效的前提下，尽可能选择经济实惠且易于获取的抗菌药物，以减轻患者的经济负担。
7. 避免滥用抗生素导致耐药性问题：合理使用抗菌药物，严格控制无指征或过度使用的情况，防止细菌产生抗药性。

综上所述，在临床实践中，医生应当结合患者的具体情况，遵循上述原则慎重选择合适的抗菌药物。