病原体引起细胞病变的机制不同，其方式有三：①病原体进入细胞内，直接引起细胞死亡；②病原体释放内毒素或外毒素杀伤细胞，或释放酶降解组织成分，或损伤血管引起缺血性坏死；③病原体引起机体免疫反应，进而由于免疫介导机制引起组织损伤。例如，病毒的致病机制是：藉其表面蛋白和机体细胞特种蛋白（受体）相结合而进入细胞，如EB病毒可连结在吞噬细胞的CR2蛋白上而进入细胞。进入细胞后，病毒的核酸（DNA或RNA）进行复制，影响宿主的核酸代谢，抑制其DNA、RNA和蛋白合成；病毒蛋白部分插入宿主细胞的质膜，引起直接损伤；病毒蛋白裸露在宿主细胞表面，引起机体免疫系统和淋巴细胞的攻击；病毒损伤宿主抗微生物能力，引起继发感染。细菌引起细胞病变乃依赖其粘附于宿主细胞和产生毒素。细菌毒素可引起全身性反应，如发热、白细胞增多、休克和巨噬细胞反应等免疫反应。同时肝、脾、淋巴结肿大，以及实质器官如心、肝、肾和神经系统的变性、坏死等。局部器官的病变和病原体种类、器官选择性及其毒素性质有关。