在初级药师专业知识范畴内，两类药品一般指处方药和非处方药，它们在应用指导方面存在诸多区别。

从获取渠道来看，处方药必须凭执业医师或执业助理医师处方才可调配、购买和使用，所以在应用指导时，药师要依据医生的处方进行详细解释。药师需要确认处方的合理性，包括药物的剂量、用法、疗程等是否符合患者病情。例如，对于治疗高血压的处方药硝苯地平控释片，药师要告知患者严格按照医生规定的剂量服用，不可自行增减，因为不当的剂量可能导致血压波动，引发严重后果。

非处方药则不需要凭医师处方即可自行判断、购买和使用。在应用指导上，药师主要根据患者对自身症状的描述来推荐合适的药品。比如患者因普通感冒出现发热、头痛症状，药师可推荐非处方药对乙酰氨基酚片，并指导患者按照说明书上的用法用量服用。

在用药指导的深度上，处方药由于其药理作用较强、不良反应较多且复杂，药师要向患者详细说明药物可能出现的不良反应、禁忌以及注意事项。以抗生素类处方药阿莫西林为例，要告知患者可能出现的过敏反应，用药前需进行皮试，以及服药期间禁止饮酒等。非处方药相对安全性较高，药师重点指导患者正确阅读药品说明书，了解适应证、用法用量和一些常见的注意事项即可。

在用药疗程方面，处方药通常有明确的疗程要求，药师要提醒患者按疗程用药，不能随意停药或延长用药时间。如抗结核的处方药异烟肼等，必须按照规定的疗程服用，否则可能导致结核菌耐药。非处方药一般用于缓解轻微症状，症状缓解后即可停药，药师要提醒患者如果症状持续不缓解或加重，应及时就医。

综上所述，处方药和非处方药在应用指导的获取依据、指导深度、疗程提醒等方面都存在明显区别，药师需要根据药品的类别为患者提供准确、有效的用药指导。