1、发霉霉菌易在药材上滋生。空气中存在多量的霉菌孢子，如散落在药材表面上，在适当的温度、湿度、适宜的环境和足够的营养条件下，即萌发为菌丝，分泌酵素，分解和溶蚀药材，并促使其成分发生变化，致减效或失效，尤其在多雨的南方，防霉更为重要。传统谚语有“蛀药不蛀性，霉药全味丢”。说明药物一经霉变即应弃去，不能应用了。

　　发霉的主要因素是适宜的温度、湿度，一般在10°C以下，相对湿度70％以下，药材含水15％以下，霉菌不易生长。若温度在25℃以上，相对温度超过80％，药材含水量增高，就易发霉。

　　2、虫蛀中药材在采集时受污染，保管中害虫侵入或沾有虫卵，都可以使药材遭受虫蛀。一般温度在15-35℃，相对温度大于60％，药材含水量在11％以上，是害虫繁殖最有利的条件。在药库中，蛀食根部药材的害虫有大谷盗、药谷盗；蛀食果实或种子的害虫有米象、谷象、干酪螨；蛀食芳香性药材的害虫有谷盗、日本标本虫、谷蛾、蟑螂、烟草甲虫、小因皮虫等。药材受蛀后，可发生蛀洞和蛀粉，有些害虫，繁殖很迅速，很快蔓延甚至可使药材全部报废。

　　3、变色各种药材都有其固定的颜色，如贮藏不当，其颜色变异，药材变质。变色的原因较多，如药材本身所含成分，在酶的作用下氧化变色；药材经常日晒，因氧化而变色；药材加工中，烘焙温度过高也可变色；某些杀虫剂如硫黄烟薰药材后，可使药材褪色。

　　4、走油（泛油）药材在干燥和贮存过程中，因温度过高或贮存年限过久、或药材本身所含某些成分关系，致使药材中所含脂肪油、挥发油，糖质及其他成分逸出药材表面，呈现油样的质变，走油后的药材，一般变色变质，药效降低，常易走油的药材有桃仁、杏仁、天冬、白术、怀牛膝、柏子仁、郁李仁、酸枣仁、当归、党参，桂圆、枸杞子等。防止药材走油的办法是干燥、隔绝空气和避光贮存。

　　5、其他除发霉、虫蛀、变色、走油外，药材贮存中的败坏，还有鼠咬、香气散失、吸湿过多而液化潮解，失水风化而干燥等，导致药材质量的变化而失去一定的药效。