淋巴上皮性唾液腺炎的病因目前尚未完全明确，但一般认为与以下多种因素相关。

自身免疫因素在其发病中起着重要作用。机体的免疫系统可能将唾液腺组织识别为外来抗原，从而启动免疫反应。在正常情况下，免疫系统能够准确区分自身组织和外来病原体，但在某些未知因素影响下，免疫调节机制出现紊乱。例如，T淋巴细胞和B淋巴细胞会异常活化，T淋巴细胞可以直接攻击唾液腺细胞，而B淋巴细胞则产生自身抗体，这些自身抗体与唾液腺组织中的抗原结合，形成免疫复合物，进一步激活补体系统，引发炎症反应，导致唾液腺组织受损，出现淋巴细胞浸润等病理表现。

遗传因素也可能是淋巴上皮性唾液腺炎发病的基础。研究发现，某些基因的异常可能增加个体患该病的易感性。家族性发病的情况提示遗传因素在其中的作用，特定的基因缺陷可能影响免疫系统的正常发育和功能，使得机体更容易发生针对唾液腺的自身免疫反应。不同种族和人群的发病率存在差异，也从侧面反映了遗传背景对疾病发生的影响。

病毒感染可能是诱发因素之一。如EB病毒、人类免疫缺陷病毒（HIV）等。这些病毒感染可能改变唾液腺细胞的抗原性，使机体免疫系统将其视为外来物质进行攻击。病毒还可能直接感染免疫细胞，干扰免疫系统的正常调节功能，导致免疫失衡。例如，EB病毒感染后，它可以潜伏在淋巴细胞中，持续刺激免疫系统，引发慢性炎症反应，最终累及唾液腺。

环境因素也不容忽视。长期暴露于某些化学物质、药物等可能损伤唾液腺组织，破坏其正常结构和功能，从而诱发免疫反应。精神压力过大、生活不规律等也可能影响机体的免疫状态，增加患病的风险。

综上所述，淋巴上皮性唾液腺炎的病因是多因素共同作用的结果，自身免疫、遗传、病毒感染和环境因素等相互交织，共同影响着疾病的发生和发展。