牙形态发育异常的原因是多方面的，主要可分为遗传因素、环境因素以及两者的共同作用。

遗传因素在牙形态发育异常中起着关键作用。某些基因突变或染色体异常可直接影响牙齿的发育过程。例如，外胚叶发育不全综合征，这是一种常染色体显性或隐性遗传病，患者由于基因缺陷，会导致牙齿数目减少、形态异常，如锥形牙等。遗传性乳光牙本质也是由特定基因突变引起的，使得牙齿外观呈半透明乳光色，牙本质结构异常，硬度降低。

环境因素同样不容忽视。在胚胎发育期间，如果孕妇受到感染，如风疹病毒感染，可能会影响胎儿牙齿的正常发育，导致牙齿形态出现异常。营养缺乏也是重要的环境因素之一，在牙齿发育矿化期，若缺乏维生素D、钙、磷等营养素，会影响牙釉质和牙本质的形成，造成牙齿形态和结构的改变，比如牙面出现凹陷、坑洼等。此外，母亲在孕期服用某些药物，如四环素类药物，会与牙齿中的钙结合，沉积在牙本质中，不仅使牙齿变色，还可能影响牙齿的正常形态发育。

儿童在牙齿发育期间，如果受到外伤，也可能导致牙形态发育异常。例如，乳牙外伤可能影响下方恒牙胚的发育，造成恒牙萌出后形态异常，如牙冠形态不规则、过小牙等。不良的口腔习惯，如吮指、咬唇、吐舌等，长期持续会对牙齿和颌骨产生异常的压力，影响牙齿的正常排列和形态发育，可能出现牙齿扭转、牙间隙增宽等情况。总之，牙形态发育异常通常是遗传因素和环境因素相互作用的结果。