根分叉病变的治疗目标主要是清除根分叉病变区内牙根表面的菌斑、牙石，消除或改善因病变所造成的牙周软硬组织的破坏，形成有利于患者控制菌斑的局部解剖外形，促使病变区牙周组织的修复和再生。其治疗方法根据病变程度的不同而有所差异。

对于早期病变，主要是进行基础治疗。首先进行龈上洁治和龈下刮治，彻底清除根分叉区的菌斑、牙石。同时，教会患者正确的刷牙方法和使用牙线、牙缝刷等辅助清洁工具，以控制菌斑的再形成。如果存在咬合创伤，还需要进行调合，消除过高的牙尖和早接触点，减少对根分叉区的创伤。

当病变发展到一定程度，基础治疗效果不佳时，可考虑进行手术治疗。对于有足够附着龈的患者，可以采用翻瓣术，翻开牙龈瓣，暴露根分叉区，在直视下彻底清除根面的菌斑、牙石和病变组织，然后修整牙槽骨外形，使根分叉区更易于清洁。对于根分叉区骨质破坏严重，但仍有一定支持组织的患牙，可以采用引导性组织再生术，在根分叉区放置生物膜，阻止牙龈上皮和结缔组织过早长入，为牙周膜细胞提供生长空间，促进新的牙槽骨、牙周膜和牙骨质的再生。

对于病变严重、患牙已无保留价值的情况，则需要考虑拔除患牙。拔除后可以根据患者的具体情况选择合适的修复方式，如种植牙、活动义齿或固定义齿等，以恢复咀嚼功能和牙列的完整性。

此外，在整个治疗过程中，还需要定期对患者进行复查和维护。一般每3 - 6个月复查一次，检查患者的口腔卫生情况、病变的愈合情况等，及时发现问题并进行处理，以保证治疗效果的长期稳定。同时，患者自身也需要保持良好的口腔卫生习惯，积极配合治疗，以促进牙周组织的健康恢复。