由于你没有明确指出“两者”具体是什么，下面以口腔常见的两种疾病——龋病和牙周炎为例，讲解它们发病机制的差异。

龋病是在以细菌为主的多种因素作用下，牙体硬组织发生的慢性、进行性破坏的一种疾病。其发病机制主要基于四联因素理论。细菌是龋病发生的主要因素，口腔内变形链球菌、乳酸杆菌等细菌会在牙齿表面形成牙菌斑。食物尤其是蔗糖等碳水化合物，为细菌代谢提供底物，细菌利用这些食物产酸。牙齿本身的形态、结构和排列等因素也会影响龋病的发生，比如窝沟深、牙列拥挤等情况容易使食物残渣和细菌堆积。此外，时间因素也很关键，龋病的发生发展是一个缓慢的过程，从细菌附着到牙体组织脱矿、崩解形成龋洞，需要一定的时间积累。

而牙周炎是由牙菌斑生物膜引起的牙周组织的慢性感染性疾病。其发病首先也是牙菌斑生物膜的作用，牙菌斑中的微生物及其产物引发牙龈的炎症和免疫反应。牙石、不良修复体等局部促进因素会加重菌斑的堆积，进一步刺激牙周组织。同时，宿主的免疫炎症反应在牙周炎的发病中起着核心作用。当细菌及其产物侵入牙周组织时，机体的免疫系统会启动防御反应，但过度的免疫反应会导致牙周组织的破坏，产生大量的炎症介质如白细胞介素、肿瘤坏死因子等，这些介质会破坏牙周膜、牙槽骨等牙周支持组织，导致牙龈红肿、出血、牙周袋形成、牙槽骨吸收，最终牙齿松动、移位甚至脱落。

综上所述，龋病主要是细菌产酸导致牙体硬组织脱矿破坏，侧重于牙体本身的病变；而牙周炎侧重于牙菌斑引发的牙周组织免疫炎症反应和支持组织的破坏，二者发病机制存在明显差异。