口腔流行病学的研究方法主要分为描述性流行病学、分析性流行病学和实验流行病学三大类。

描述性流行病学是流行病学中最常用的一种，它主要是描述人群中疾病或健康状况及暴露因素的分布情况，为进一步研究提供线索。它又包含三种类型。横断面研究，又称现况调查，是在特定时间范围内，对特定人群中的疾病或健康状况以及相关因素进行调查，比如了解某地区老年人的牙周病患病情况。纵向研究，是对一组人群定期随访，观察疾病或健康状况的动态变化，例如观察儿童从乳牙列到混合牙列再到恒牙列过程中龋病的发生发展情况。常规资料分析，是对已有的记录资料进行分析，像医院的病历记录、疾病报告等。

分析性流行病学则是用于探讨病因和相关因素对疾病发生的影响。病例 - 对照研究，是选择患有某病的病例组和未患该病的对照组，调查他们过去对某个或某些暴露因素的暴露情况，以判断暴露因素与疾病之间可能存在的联系，比如研究吸烟与口腔癌的关系。队列研究，是将特定人群按是否暴露于某因素分为暴露组和非暴露组，随访观察一定时间，比较两组之间疾病的发生率，从而判断暴露因素与疾病的关联程度。

实验流行病学也称为流行病学实验，是指在研究者的控制下对人群采取某项干预措施或施加某种因素或消除某种因素以观察其对人群疾病发生或健康状态的影响。它分为现场试验和临床试验等。现场试验是在现场环境下进行的干预研究，比如在学校开展含氟牙膏预防龋病的试验。临床试验则是在临床环境中进行，通常是对某种治疗方法或药物的效果进行评价，例如评价一种新的口腔种植体的临床效果。

这三类研究方法各有特点和用途，在口腔流行病学研究中相互补充，共同为口腔疾病的预防、诊断和治疗提供科学依据。