口腔流行病学的研究方法有多种，主要包括描述性流行病学、分析性流行病学和实验流行病学。

描述性流行病学是流行病学中最常用的一种，它主要描述疾病或健康现象在人群中的分布以及发生、发展的规律。具体又可分为横断面研究、纵向研究和常规资料分析。横断面研究又称现况调查，是在特定时间范围内，对特定人群中的疾病或健康状况和有关因素进行调查分析，以描述疾病或健康状况的分布及其相关因素。纵向研究是对一组人群定期随访，观察疾病或健康状况的动态变化。常规资料分析则是对已有的资料，如疾病监测记录、死亡报告等进行整理分析。

分析性流行病学主要用于探讨病因，它包括病例 - 对照研究和队列研究。病例 - 对照研究是选择患有和未患有某特定疾病的人群分别作为病例组和对照组，调查两组人群过去暴露于某种或某些可疑危险因素的比例，判断该暴露因素是否与疾病有关联及其关联程度大小。队列研究是将特定人群按是否暴露于某因素分为暴露组和非暴露组，随访观察一定时间，比较两组人群某种疾病的发病率，以检验该暴露因素与疾病之间有无关联及关联强度。

实验流行病学是指在研究者的控制下对人群采取某项干预措施或施加某种因素或消除某种因素以观察其对人群疾病发生或健康状态的影响。它可以人为地控制研究因素，能较好地验证假设，分为临床试验、现场试验和社区干预试验等。通过这些研究方法，口腔流行病学可以为口腔疾病的预防、诊断和治疗提供科学依据。