在生物氧化过程中，ATP的生成主要通过两种方式，即底物水平磷酸化和氧化磷酸化。

底物水平磷酸化是指在物质代谢过程中，由于底物分子内部能量重新分布产生高能磷酸键，使ADP磷酸化生成ATP的过程。例如，在糖酵解途径中，1,3 - 二磷酸甘油酸含有高能磷酸键，在磷酸甘油酸激酶的催化下，将高能磷酸键转移给ADP生成ATP和3 - 磷酸甘油酸；还有磷酸烯醇式丙酮酸也含有高能磷酸键，在丙酮酸激酶的作用下，将磷酸基团转移给ADP生成ATP和丙酮酸。这种方式的特点是直接将底物分子中的能量转移给ADP生成ATP，不需要经过电子传递链。

氧化磷酸化则是ATP生成的主要方式。它是指在生物氧化过程中，代谢物脱下的氢经呼吸链氧化生成水时，所释放出的能量逐步驱动ADP磷酸化生成ATP的过程。呼吸链是存在于线粒体内膜上的一系列递氢体和递电子体按一定顺序排列组成的连锁反应体系。代谢物如丙酮酸、苹果酸等在相应酶的作用下脱氢，脱下的氢由相应的辅酶（如NAD 、FAD）接受，形成NADH H 或FADH2。NADH H 和FADH2 中的氢通过呼吸链逐步传递，最终与氧结合生成水。在这个电子传递过程中，释放出的能量使质子（H ）从线粒体基质跨过内膜进入膜间隙，形成跨线粒体内膜的质子电化学梯度。当质子顺浓度梯度回流到线粒体基质时，驱动ATP合酶催化ADP和Pi合成ATP。

综上所述，底物水平磷酸化和氧化磷酸化共同参与生物氧化中ATP的生成，氧化磷酸化提供了生物体所需的大部分ATP，而底物水平磷酸化则在特定代谢途径中迅速补充少量ATP。