安徽中医学院教学成果丰硕，主要的安徽中医学院教学成果有学校拥有国家级、省级质量工程项目69项，获项目经费近470万元。安徽中医学院教学成果与省内外企业建立了20多个中医药产学研合作基地。“十五”以来，学校共承担各级各类项目及横向合作研究项目900多项，科研经费6640余万元，获研究成果近300项。安徽中医学院教学成果被国家科学技术部授予“全国科技特派员工作先进集体”称号。