临床应用肌注时，少数病人有局部疼痛；阴道内给药时，个别病例出现阴道充血。上述反应在停药后均消失。临床应用个别也有引起大疱性表皮松解萎缩型皮炎或药疹、过敏性紫癜、过敏性休克乃至死亡。

早在1988年，人们已经注意到，鱼腥草注射液可能会有严重不良反应，相应的监测从那个时候就已经开始； 2003年8月，国家药品不良反应监测中心在《药品不良反应信息通报》中向社会通报了鱼腥草注射液引起的严重不良反应的情况，并提醒医生和患者慎用这类药品。

2006年2月22日，浙江省金华市一4岁女孩，因治疗呼吸道感染，在静脉滴注鱼腥草注射液过程中，出现抽搐昏迷的严重不良反应,后昏迷达3个多月，经抢救脱离危险。

2006年4月8日，湖北省汉阳市一3岁男孩在静脉滴注鱼腥草注射液过程中，出现了过敏性休克的不良反应，导致死亡。

2006年5月17日，广东省东莞市一4岁男孩，因鼻炎静脉滴注鱼腥草注射液后，出现了过敏性皮疹的严重不良反应。

2006年5月19日，江苏省张家港市一7岁女孩，因咽喉发炎，在静脉滴注鱼腥草注射液过程中，出现呼吸困难、休克的严重不良反应。后经及时抢救脱离危险。

2006年6月1日起国家食品药品监督管理局日前宣布，在全国范围内暂停使用和审批鱼腥草注射液等7个注射剂。这7个注射剂都是含鱼腥草或新鱼腥草素钠的注射剂，包括：鱼腥草注射液，复方蒲公英注射液、鱼金注射液、炎毒清注射液、新鱼腥草素钠注射液，新鱼腥草素钠氯化钠注射液和注射用新鱼腥草素钠。