消化系统的疾病的临床表现往往不典型，仅症状诊断十二指肠溃疡是不可靠的。当患者自己觉得有慢性周期性发作的上腹不适及其他消化不良症状应予以高度怀疑，同时应及时到医院进行检查。其诊断有如下几种常用的检查方法：

1. 胃镜检查：胃镜检查是诊断十二指肠溃疡的主要方法，虽然其名为胃镜，但是也可对十二指肠黏膜直接观察、摄像，还可在直视下取活组织作病理学检查及幽门螺杆菌检测, 因此对溃疡的诊断具有十分重要的意义。根据1964年日本畸田隆夫的分期法，将内镜下溃疡可分为活动期(A)、愈合期(H)和瘢痕期(S)三个病期，其中每个病期又可分为两个阶段。部分患者可能会对胃镜检查的过程不能忍受或心存恐惧，这时可考虑麻醉后再行胃镜检查（即无痛胃镜），以减轻胃镜检查的不适感。

2. X线钡餐检查：X线钡餐检查在溃疡的诊断及胃良、恶性溃疡鉴别诊断上的准确性不如胃镜，常用于年纪较大，有心脑血管疾病或因其他原因而无法耐受胃镜检查的患者，如发现龛影，则亦有确诊价值。

3. 尿素酶试验或核素标记C13呼气等试验:目的在于检测是否存在幽门螺旋杆菌感染，主要用于评价幽门螺旋杆菌根除治疗后的疗效。