腧穴的主要生理功能是输注脏腑经络气血，沟通体表与体内脏腑的联系。临床上腧穴有诊断疾病和治疗疾病的作用。由于腧穴有沟通表里的作用，内在脏腑气血的病理变化可以反应于体表腧穴，相应的腧穴会出现压痛、酸楚、麻木、结节、肿胀、变色、丘疹、凹陷等反应。因此，利用腧穴的这些病理反应可以帮助诊断疾病。腧穴更重要的作用是治疗疾病，通过针灸、推拿等刺激相应腧穴，可以疏通经络，调节脏腑气血，达到治病的目的。腧穴不仅能治疗该穴所在部位及邻近组织、器官的局部病证，而且能治疗本经循行所及的远隔部位的组织、器官、脏腑的病证。此外，某些腧穴还有特殊的治疗作用，可专治某病。如至阴穴可矫正胎位，治疗胎位不正。