（1）单纯性胎粪便秘或称胎粪塞。胎粪特别稠厚聚集在直肠内。直肠指检的刺激多能发动排便反射，用盐水灌肠能清除胎粪，以后即不会再有便秘。

（2）先天性肠闭锁：新生儿回肠或结肠闭锁表现为低位肠梗阻，直肠指检仅见少量灰绿色分泌物，用盐水灌肠也不能排出大量胎粪。

（3）新生儿腹膜炎：新生儿可因败血症、脐部感染或其他原因而发生腹膜炎。此时患儿有腹胀、呕吐、大便少或腹泻等症状，与新生儿HD发生小肠结肠炎的病例极为相似，鉴别诊断有时困难。

（4）新生儿坏死性小肠结肠炎：与HD伴发小肠结肠炎很难鉴别，但此病多是早产儿，出生后曾有窒息、缺氧、休克的病史，且有便血，X线平片肠壁有气囊肿或（和）门静脉积气。