主要症状为呕吐、腹胀和便秘。

呕吐：高位肠闭锁呕吐多于第1次喂奶后或生后第l天出现，而低位闭锁于生后2～3天出现。呕吐呈进行性加重。高位肠闭锁的病儿呕吐物为奶块，多含有胆汁。低位闭锁呕吐物可呈粪便样并带臭味。

腹胀：闭锁的位置越低、就诊时间越晚，腹胀程度就越重，反之则较轻。高位闭锁的腹胀仅限于上腹部。低位闭锁全腹呈一致性膨胀，进行性加重。高位肠闭锁时偶尔在上腹部可见胃型。低位肠闭锁时往往可见到扩张的肠袢。

出生后无正常胎粪排出，有的仅排出少量灰白色或青灰色黏液样物。

最初病儿全身情况尚好，由于呕吐频繁，很快出现脱水，全身情况迅速恶化。如同时有肠穿孔腹膜炎，腹胀更加明显，腹壁水肿发红，同时有呼吸困难和中毒症状。