小儿肿瘤的病理性质与成人大不相同，成人恶性肿瘤以腺癌为最常见，如乳腺癌、胃癌、直肠癌、肺癌等；儿童恶性肿瘤则以胚胎性肿瘤及肉瘤为主，如肾母细胞瘤、神经母细胞瘤、畸胎瘤；横纹肌肉瘤等。小儿肿瘤发生的部位和器官与成人也有所不同，成人以脏器为主，而儿童则以软组织、骶尾部、腹膜后间隙等处较为多见，但小儿肿瘤也常发生在眼球、大脑、肾脏等器官。

判断恶性肿瘤的标准，成人与儿童也有区别，例如包膜完整的肿瘤，在成人一般认为良性，但小儿常见的肾母细胞瘤可以相当长时期包膜完整，却具有高度恶性。细胞的不完全分化和细胞核有丝分裂象，在成人肿瘤，一般象征恶性，但小儿的畸胎瘤很多有细胞不完全分化，但不一定是恶性。血管瘤常有细胞核有丝分裂象，却是良性的。小儿恶性肿瘤生长速度快，这是因为小儿本身是一个正在生长发育的机体，同时也可能由于肿瘤的胚胎组织生长特别快的关系。许多小儿肿瘤具有肿瘤与畸形的双重特性，如畸胎瘤：血管瘤和淋巴管瘤等。