正常机体内只有骨和牙含有固态的钙盐，如在骨和牙之外的其他部位组织内有固态的钙盐沉积，则称为病理性钙化。沉积的钙盐主要是磷酸钙，其次为碳酸钙。

在HE染色时，钙盐呈蓝色颗粒状，开始时颗粒微细，以后聚集成较大颗粒或片块，量多时肉眼可见为白色石灰样质块，难以完全吸收而成为机体内长期存在的异物，并刺激周围结缔组织增生而将其包裹。

病理性钙化主要有营养不良性钙化和转移性钙化两种。前者颇常见，乃变性坏死组织或异物的钙盐沉积，如结核坏死灶、脂肪坏死灶、动脉粥样硬化斑块内的变性坏死区，坏死的寄生虫虫体、虫卵以及其他异物等。此时，因无全身性钙磷代谢障碍，故血钙不升高。

营养不良性钙化的机制尚未阐明，可能与局部硷性磷酸酶升高有关：碱性磷酸酶能水解有机磷酸酶，使局部磷酸增多，超过3Ca2+×2PO43－的常值，于是形成磷酸钙沉淀。至于磷酸酶的来源，一部分显然是来自坏死细胞中的溶酶体，另一部分则可能系吸收自周围组织液中的磷酸酶医学/教育网。此外，钙化与局部组织的pH变动有关。变性坏死组织的酸性环境可使局部钙盐溶解，钙离子浓度升高，尔后由于组织液的缓冲作用，局部组织碱性化，故钙盐乃析出沉积。

转移性钙化较少见，是全身性钙、磷代谢障碍致血钙和（或）血磷升高，使钙盐在未受损的组织上沉积所致。如甲状旁腺功能亢进及骨肿瘤造成骨质严重破坏时，大量骨钙进入血液，使血钙升高，以致钙在肾小管、肺泡和胃粘膜等处沉积，形成转移性钙化。此外，接受超剂量的维生素D时，因促进钙从肠吸收，也可引起转移性钙化。

钙化对机体的影响视具体情况而异。转移性钙化可使钙化的组织、细胞丧失；血管壁钙化使血管失去弹性变脆，容易破裂出血。但结核病灶的钙化则有可能使其中的结核菌逐渐失去活力，减少复发的危险。然而结核菌在钙化灶中往往可以继续存活很长时间，一旦机体抵抗力下降，则仍有可能引起复发。