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在流行期结合临床症状诊断流感并不困难，但要确诊或流行监测时必须进行实验室检查，主要包括病毒分离培养、血清学诊断和快速诊断方法。

病毒的分离与鉴定

通常采取发病3日内患者的咽洗液或咽拭子，经抗生素处理后接种于9～11日龄鸡胚羊膜腔和尿囊腔中，于33℃～35℃孵育3～4天后，收集羊水和尿囊液进行血凝试验。如血凝试验阳性，再用已知免疫血清进行血凝抑制（hemoagglutination inhibition，HI）试验，鉴定型别。若血凝试验阴性，则用鸡胚再盲目传代3次，仍不能出现血凝则判断病毒分离为阴性。也可用组织培养细胞（如人胚肾或猴肾）分离病毒，判定有无病毒增殖可用红细胞吸附方法或荧光抗体方法。

血清学诊断

采取患者急性期（发病5天内）和恢复期（病程2～4周）双份血清，常用HI试验检测抗体。如果恢复期比急性期血清抗体效价升高4倍以上，即可做出诊断。正常人血清中常含有非特异性抑制物，因此在进行HI试验前可用胰蛋白酶等处理血清，以免影响HI试验结果。HI试验所用的病毒应当是与当前流行密切相关的病毒株，反应结果才能确切。补体结合试验（compliment fixation，CF）只能检测NP、MP的抗体。这些抗体出现早、消失快。因此，CF试验只能作为是否新近感染的指标。

快速诊断

对患者进行快速诊断，主要是采用间接或直接免疫荧光法、ELISA法检测病毒抗原。常取患者鼻甲粘膜印片或呼吸道脱落上皮细胞涂片，用荧光素标记的流感病毒免疫血清进行免疫荧光染色检查抗原，或用ELISA检查患者咽漱液中的抗原。 用单克隆抗体经免疫酶标法仅用24～72小时即可快速检测甲、乙型流感病毒在感染细胞内的病毒颗粒或病毒相关抗原。

PCR、核酸杂交或序列分析等方法也被用于检测流感病毒核酸或进行分型。