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1.双子叶植物根茎
一般均具次生构造，与地上茎相似。外表常有木栓层，少数有表皮或鳞叶。皮层中有根迹维管束或叶迹维管束，皮层内侧有时具纤维或石细胞，内皮层多不明显。维管束为外韧形，成环状排列，束间为髓射线。有的中柱外方部位具厚壁组织，如初生韧皮纤维和石细胞群（或称中柱鞘纤维），常排成不连续的环。中央有髓部。根茎横切面常见分泌组织存在，如苍术有油室；草酸钙结晶及厚壁组织也常存在，有的含有菊糖而无淀粉粒。
双子叶植物根茎还可形成异常构造，常见的有下列几种类型：①髓维管束，位于根茎髓部的维管束，如大黄。②内生韧皮部，是位于木质部里端的韧皮部，有的与木质部里端密切接触，构成正常的双韧型维管束；有的在髓部的周围形成韧皮部束。③木内木栓，在次生木质部内形成木栓环带，如甘松，木内木栓环把维管柱分隔成数个束。
2.单子叶植物根茎
一般均具初生构造。外表通常为一列表皮细胞，少数根茎为后生皮层，如藜芦；有的皮层外侧细胞形成木栓组织，如生姜。皮层宽广，常有叶迹维管束散在；内皮层大多明显，常具凯氏带。中柱中有多数维管束散布，维管束多为有限外韧型，也有周木型。髓部不明显。根茎横切面常见分泌组织和草酸钙针晶或针晶束存在。
鳞茎的鳞叶横切面构造与单子叶植物的叶大体相似，表皮一般有气孔。
3.蕨类植物根茎
外表通常为一列表皮，表皮下面有下皮层，为数列厚壁细胞，内部为薄壁细胞组成的基本组织。一般具网状中柱，横切面观可见断续环状排列的周韧型分体中柱，其外围有内皮层。分体中柱的形状、数目和排列方式是鉴定品种的重要依据。在环列的分体中柱的外方，有叶迹维管束。有的根茎具双韧管状中柱。木质部排成环圈，其内外两侧均有韧皮部及内皮层环，中央有髓部，如狗脊。蕨类植物根茎的木质部一般无导管而有管胞，管胞大多为梯纹。在基本组织的细胞间隙中，有的具间隙腺毛，如绵马贯众。
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