在进行中枢神经系统感染疾病的鉴别诊断时，需要考虑多种因素，包括临床表现、实验室检查结果以及影像学特征等。一般来说，常见的中枢神经系统感染性疾病包括细菌性脑膜炎、病毒性脑膜炎（如肠道病毒、单纯疱疹病毒）、结核性脑膜炎、真菌性脑膜炎和寄生虫感染等。
1. 临床症状：不同类型的中枢神经系统感染可能表现出不同的临床特征。例如，急性细菌性脑膜炎通常起病急骤，伴有高热、剧烈头痛、颈项强直等症状；而病毒性脑膜炎虽然也有类似的症状但往往程度较轻，且发热不明显或轻微。结核性脑膜炎进展相对缓慢，患者可能有长期低热、体重减轻等慢性消耗表现。
2. 实验室检查：腰椎穿刺进行的脑脊液分析是诊断中枢神经系统感染的重要手段之一。不同病原体引起的脑脊液改变具有一定的特异性。如细菌性脑膜炎时白细胞计数显著升高，以中性粒细胞为主；病毒性脑膜炎则以淋巴细胞增多为特点；结核性和真菌性脑膜炎可能表现为单核细胞增多，并且蛋白质含量较高。
3. 病原学检查：通过脑脊液涂片、培养或分子生物学方法（如PCR）直接检测病原体是确诊的关键。例如，细菌可以直接在显微镜下观察到或通过特定的培养基生长；病毒可通过PCR技术快速鉴定；而结核杆菌则需使用特殊的染色技术和长时间的培养。
4. 影像学检查：CT和MRI等影像学检查有助于发现脑实质损害、脑水肿及占位性病变等情况，对于某些类型的中枢神经系统感染（如脑脓肿）具有重要的诊断价值。此外，在怀疑有颅内压增高的情况下，影像学检查也能提供重要信息。

综上所述，针对不同类型的中枢神经系统感染性疾病进行鉴别诊断时，需要结合患者的临床表现、实验室检查结果及必要的辅助检查综合判断。在实际操作过程中，医生还需要根据具体情况选择合适的检查项目，并及时调整治疗方案以确保患者得到有效的治疗。