粪便显微镜检查是诊断学基础中一项重要的检查项目，主要检查以下几类物质：

细胞方面。红细胞的检查很关键，正常粪便中一般无红细胞，若出现红细胞，常见于下消化道出血，如痢疾、溃疡性结肠炎、结肠癌等疾病。白细胞的检测也不容忽视，正常粪便中可见少量白细胞，当肠道有炎症时，白细胞数量会增多。比如在细菌性痢疾时，可见大量与黏液相混的脓细胞和巨噬细胞；在过敏性肠炎、肠道寄生虫病时，还能见到较多的嗜酸性粒细胞。

食物残渣的检查也具有重要意义。淀粉颗粒在正常粪便中偶见，当消化不良时，淀粉颗粒会增多。脂肪小滴在正常人粪便中很少见到，若大量出现，提示脂肪消化或吸收不良，常见于急慢性胰腺炎、胰头癌等胰腺疾病，以及肝胆疾病。肌肉纤维大量出现则提示蛋白质消化不良，可能与胰腺外分泌功能减退有关。

寄生虫和寄生虫卵的检查是粪便显微镜检查的重点之一。通过检查可以发现蛔虫卵、钩虫卵、鞭虫卵、蛲虫卵等肠道寄生虫卵，这对于肠道寄生虫病的诊断具有决定性意义。此外，还可能发现阿米巴滋养体及其包囊等原虫，它们分别是阿米巴痢疾等疾病的病原体。真菌在正常粪便中少见，但若长期使用广谱抗生素、免疫抑制剂等，可能会出现真菌，如白色念珠菌等，提示肠道菌群失调。

总之，粪便显微镜检查通过对细胞、食物残渣、寄生虫和寄生虫卵以及真菌等的观察，能够为消化系统疾病、寄生虫病等的诊断、病情判断和治疗提供重要的依据。