阴阳学说在疾病治疗方面有着广泛且重要的应用，主要体现在确定治疗原则和归纳药物性能两大方面。

在确定治疗原则上，其核心是调整阴阳，以达到阴阳平衡的状态。对于阴阳偏盛的实证，要采用“实则泻之”的方法。阳偏盛而导致的实热证，就要用寒凉性质的药物来清热泻火，以抑制阳热之邪；阴偏盛导致的实寒证，则使用温热性质的药物来散寒温里，祛除阴寒之邪。而对于阴阳偏衰的虚证，采用“虚则补之”的原则。阳虚不能制阴而造成阴相对偏盛的虚寒证，需要补阳以制阴，即“益火之源，以消阴翳”；阴虚不能制阳而造成阳相对偏盛的虚热证，要滋阴以制阳，也就是“壮水之主，以制阳光”。当出现阴阳互根互用关系失调，有阴阳互损情况时，在治疗阳虚或阴虚的基础上，适当加入滋阴或补阳的药物，以达到阴阳双补的目的。

在归纳药物性能方面，药物的性能主要依据其气（性）、味和升降浮沉来决定，而这些都可以用阴阳学说进行归纳。药物的气（性）有寒、热、温、凉四种，其中寒、凉属阴，热、温属阳。寒凉性质的药物可以治疗阳热证，温热性质的药物能治疗阴寒证。药物的味有酸、苦、甘、辛、咸五种，此外还有淡味。其中辛、甘、淡属阳，酸、苦、咸属阴。辛味药有发散作用，甘味药能滋补和中，淡味药有利水渗湿作用；酸味药有收敛作用，苦味药能降泄燥湿，咸味药能软坚散结。药物的升降浮沉中，升浮之药属阳，有升阳、发表、散寒等作用；沉降之药属阴，有清热、泻下、利水等作用。医生根据患者阴阳失调的情况，结合药物的阴阳属性，选择合适的药物进行配伍组方，以纠正人体阴阳的偏盛偏衰，从而达到治疗疾病的目的。

总之，阴阳学说贯穿于中医疾病治疗的全过程，是中医治疗疾病的重要理论依据和指导原则。