根与根茎在显微结构上存在诸多区别，这些区别对于准确鉴别中药材具有重要意义。

从组织排列来看，根一般没有髓部（除了一些双子叶植物的根异常构造中有髓），其初生构造由表皮、皮层和维管柱组成，维管柱包括初生木质部和初生韧皮部，二者相间排列，呈辐射状。而根茎通常有明显的髓部，其维管束类型多样，双子叶植物根茎的维管束多为无限外韧型，呈环状排列；单子叶植物根茎的维管束则多为有限外韧型或周木型，散在分布。

从细胞特征来讲，根的表皮细胞多为一层，具有吸收功能，外壁常无角质化，有的还形成根毛。根茎的表皮细胞则常角质化，以起到保护作用。根的皮层较为发达，有外皮层、皮层薄壁组织和内皮层之分，内皮层细胞具有凯氏带或凯氏点，这是根的重要鉴别特征。根茎的皮层相对较薄，内皮层大多不明显。

在维管组织方面，根的初生木质部的分化是外始式，即从外向内逐渐成熟；而根茎的初生木质部的分化则是内始式，从内向外成熟。根的次生构造中，维管形成层活动产生次生木质部和次生韧皮部，木栓形成层则产生周皮。根茎的次生构造中，维管形成层和木栓形成层的活动与根类似，但有些根茎还会有额外的维管束等特殊构造。

此外，根和根茎在分泌组织、厚壁组织等方面也可能存在差异。例如，根中可能有乳汁管等分泌组织，而根茎中可能有石细胞等厚壁组织更为常见。通过对这些显微特征的观察和分析，可以准确地区分根和根茎类中药材，为中药材的鉴定和质量控制提供科学依据。