针灸治疗神经系统疾病的原理主要基于中医学的整体观念和经络学说。中医学认为，人体是一个有机整体，各个器官之间以及人与外界环境之间存在着密切的联系。经络是运行全身气血、联络脏腑肢节、沟通上下内外的通路，是针灸作用的主要途径。
1. 调整阴阳平衡：中医理论认为疾病的发生发展与机体阴阳失衡有关。通过针刺特定穴位可以调整机体的阴阳平衡，恢复正常的生理功能，从而达到治疗目的。
2. 促进气血运行：经络系统负责输送营养物质和排除代谢废物。当人体受到外邪侵袭或自身调节机制失调时，会导致气滞血瘀，出现各种症状。针灸可以通过刺激相关穴位来疏通经络、活血化瘀，改善局部血液循环，缓解神经系统的异常状态。
3. 调节脏腑功能：中医认为五脏六腑与神经系统有着密切的关系。通过针刺特定的脏腑对应穴位，可以调节相应器官的功能活动，对于由内脏功能紊乱引起的神经系统疾病具有良好的疗效。
4. 神经系统反射机制：现代研究发现，针灸可以通过刺激皮肤感受器产生神经冲动，并沿着脊髓上传至大脑皮层，引起一系列生理反应。这些反应包括释放内啡肽等物质以减轻疼痛、调节自主神经系统活动、改善睡眠质量等方面的作用，对治疗某些类型的神经系统疾病有积极作用。
5. 免疫调节作用：针灸还能够通过影响免疫系统来达到治病的效果。例如，它可以增强机体免疫力，提高抗病能力；或者抑制异常的免疫反应，减少炎症反应等，对于自身免疫性神经病变具有一定的疗效。

综上所述，针灸治疗神经系统疾病的原理是多方面的，既包括了传统中医理论中的经络调理、阴阳平衡调整等内容，也涵盖了现代医学研究发现的一些生理机制。在临床应用中，医生会根据患者的具体病情选择合适的治疗方法。