在中医助理医师的工作中，保护患者的隐私是一项非常重要的职责。这不仅关乎到医德和法律法规的要求，也是建立良好医患关系的基础。为了确保治疗过程中能够有效保护患者隐私，可以采取以下措施：

首先，增强个人的保密意识。作为医疗工作者，应当深刻理解保护患者隐私的重要性，并将这一理念贯穿于日常工作的每一个环节。

其次，在收集、使用和存储患者的个人信息时，必须严格遵守相关的法律法规。比如，《中华人民共和国医师法》《中医药条例》等都对如何处理患者信息有明确的规定。在实际操作中，应该只采集与诊疗直接相关的信息，并确保这些信息的安全性，避免泄露给无关人员。

再次，优化就诊环境，创造一个私密的治疗空间。例如，在诊室设计上应考虑到隐私保护的需求，如设置隔音设施、保证每个患者都有独立的空间接受检查和咨询等。

此外，对于电子病历系统的使用也需谨慎。确保系统具有足够的安全防护措施，定期更新软件以防止数据被非法访问或窃取。同时，对所有能够接触电子病历的工作人员进行权限管理，只允许其查看与工作相关的部分信息。

最后，加强患者教育也是保护隐私的重要一环。通过向患者解释其权利以及医院在隐私保护方面采取的具体措施，可以帮助他们更好地理解并参与到自身健康信息的安全管理中来。

综上所述，从提高个人意识、遵守法律法规、改善物理环境、确保电子数据安全及增强患者自我保护能力等多方面入手，可以有效保障中医助理医师在治疗过程中的患者隐私。