药品在医疗机构中的分类管理主要依据药品的性质、用途以及安全性等因素进行，目的是确保药品使用的安全性和有效性。根据我国的相关规定和实践，药品大致可以分为以下几个类别进行管理和使用：
1. 基本药物与非基本药物：国家制定的基本药物目录内的药品被视为基本药物，这类药品具有较高的性价比，在临床治疗中应用广泛。非基本药物则是指不在该目录范围内的其他药品。
2. 处方药和非处方药（OTC）：处方药是指必须凭执业医师或助理执业医师开具的处方才能购买并使用的药品；而非处方药则可以在没有医生处方的情况下，由患者自行判断并在药师指导下使用。
3. 特殊管理药品：包括麻醉药品、精神药物、医疗用毒性药品和放射性药品等。这类药品由于其特殊性质，在采购、储存、调配及使用等方面都有一套更为严格的规定。
4. 抗菌药物：根据抗菌药物临床应用指导原则，将抗菌药物分为非限制使用级、限制使用级与特殊使用级三个级别，并实施分级管理。
5. 儿科用药、老年患者用药等特定人群使用的药品也会有专门的管理和监控措施以确保其安全有效。
6. 自制制剂：指医疗机构根据本单位临床需要经批准而配制并自用的固定处方制剂，需按相关规定进行生产和质量管理。

在实际操作中，医院药学部门会依据上述分类标准对各类药品实施严格的采购、储存、分发和使用流程，并定期检查药品质量及有效期等信息，确保患者用药安全。同时，对于特殊管理药品，还会执行更为严密的管理制度，如双人复核制度、专柜加锁保管等措施。