选择合适的抗真菌或抗病毒治疗需要综合考虑多个因素，包括病原体类型、感染部位、患者的基础健康状况以及药物的安全性和有效性等。下面是一些基本的指导原则：
1. 准确诊断：首先需要通过实验室检测（如血液检查、培养和分子生物学方法）确定是真菌还是病毒感染，并尽可能明确具体的病原体种类，因为不同的病原体对药物的敏感性不同。
2. 评估病情严重程度及感染部位：对于轻度至中度的局部感染，可以选择外用制剂；而对于全身性的重度感染，则需要静脉注射或口服给药。同时还需要考虑感染的具体位置，比如中枢神经系统、肺部或其他重要器官，这将影响药物的选择和剂量。
3. 患者个体差异：患者的年龄、体重、肝肾功能状态等因素都会对抗真菌或抗病毒药物的代谢产生影响，因此在选择治疗方案时需要充分考虑到这些因素。例如老年人可能更容易出现不良反应，而儿童则对某些药物更为敏感。
4. 药物相互作用与耐药性：医生还需要关注患者是否正在使用其他药物以及是否有已知的药物过敏史，并尽量避免选用可能导致严重药物间相互作用或促进病原体产生抗性的药品。
5. 经济成本和可获得性：在确保疗效的前提下，应考虑到治疗方案的成本效益比及药品在当地市场的供应情况，力求为患者提供最优化且经济实惠的选择。

总之，在选择抗真菌或抗病毒治疗时，医生应当基于全面的临床评估结果来制定个体化的治疗计划，并密切监测患者的反应以及时调整治疗策略。