抗菌药物的选择依据主要包括以下几个方面：
1. 病原学诊断：首先需要明确感染是由哪种病原体引起的，这通常通过临床症状、实验室检查（如血液培养、尿液分析等）、影像学检查以及微生物学检测来确定。对于一些特定的感染类型或部位，可能还需要进行专门的病原体鉴定。
2. 药敏试验结果：一旦确定了具体的致病菌种，应根据药敏试验的结果选择敏感的抗菌药物。药敏试验可以评估不同抗生素对分离出的细菌株的抑制效果，从而指导临床合理用药。
3. 感染部位和严重程度：不同的感染部位可能需要使用特定类型的抗菌药物，因为某些药物在体内分布的特点决定了它们是否能够有效到达感染部位。同时，感染的轻重也会影响治疗方案的选择，重症患者往往需要更强效或者联合使用的抗生素。
4. 药物特性：包括药代动力学和药效学特点、给药途径、不良反应等。选择时需考虑药物在体内的吸收、分布、代谢及排泄过程，以及其可能产生的副作用，确保所选药物既有效又安全。
5. 患者个体情况：如年龄、性别、基础疾病状态、过敏史等因素也会影响抗菌药物的选择。儿童和老年人对某些抗生素的耐受性较差；孕妇使用时需特别注意避免影响胎儿发育；有严重肝肾功能不全的患者则需要调整剂量或选择其他替代治疗方案。
6. 经济因素和社会责任：在保证疗效的前提下，还应考虑成本效益比，尽量选用经济实惠且易获得的药物。此外，在全球范围内对抗生素耐药性问题日益严峻的情况下，合理使用抗生素、防止滥用导致细菌产生抗药性也是重要的考量之一。

综上所述，抗菌药物的选择是一个综合性的过程，需要结合多方面的因素进行决策。