原虫是一类单细胞真核动物，其主要致病机制包括以下几个方面。

首先是机械性损伤。当原虫在宿主体内繁殖时，它们可以大量增殖并占据宿主细胞或组织的空间，导致细胞破裂和组织损伤。例如疟原虫在红细胞内发育和繁殖，可使红细胞胀破，造成贫血等症状。溶组织内阿米巴滋养体凭借其伪足运动和溶组织酶的作用，侵入肠黏膜和肠壁组织，形成溃疡，引起肠阿米巴病，严重时还可能穿破肠壁导致肠穿孔等严重后果。

其次是毒性作用。原虫的代谢产物、分泌物以及死亡虫体的分解产物等都可能具有毒性。这些毒性物质可以对宿主的细胞和组织产生损害，影响其正常的生理功能。比如疟原虫的裂殖子破裂红细胞时，会释放出多种毒素，可刺激机体产生强烈的免疫反应，引起寒战、高热等症状。利什曼原虫在巨噬细胞内繁殖，其分泌的一些物质会抑制巨噬细胞的正常功能，使机体的免疫防御能力下降。

再者是免疫病理损伤。原虫感染后，宿主的免疫系统会对其产生免疫应答。然而，这种免疫反应有时可能会对宿主自身造成损伤。一方面，免疫复合物的形成可能会沉积在组织中，激活补体系统，导致局部炎症反应和组织损伤。例如疟疾患者体内可能会形成疟原虫抗原 - 抗体复合物，沉积在肾小球基底膜，引起肾小球肾炎。另一方面，过度的免疫反应可能会攻击宿主自身的组织和细胞，引发自身免疫性疾病。此外，原虫还可能通过抗原变异等方式逃避宿主的免疫攻击，使感染持续存在并不断加重病情。

最后，营养掠夺也是原虫致病的一个重要机制。原虫在宿主体内生长、繁殖需要摄取营养物质，这会与宿主竞争营养。如肠道内的贾第虫大量繁殖时，会夺取宿主肠道内的营养成分，导致宿主出现消化不良、腹泻、营养不良等症状。长期的营养掠夺会影响宿主的生长发育和身体健康。

综上所述，原虫的致病机制是多方面的，这些机制相互作用，共同影响着宿主的健康状况。