临床使用抗菌药需要遵循一系列科学的指导原则，以确保用药的安全、有效和合理。

首先，诊断为细菌性感染者，方有指征应用抗菌药物。应根据患者的症状、体征及血、尿常规等实验室检查结果，初步诊断为细菌性感染者以及经病原检查确诊为细菌性感染者方有指征应用抗菌药物；由真菌、结核分枝杆菌、非结核分枝杆菌、支原体、衣原体、螺旋体、立克次体及部分原虫等病原微生物所致的感染亦有指征应用抗菌药物。缺乏细菌及上述病原微生物感染的证据，诊断不能成立者，以及病毒性感染者，均无指征应用抗菌药物。

其次，尽早查明感染病原，根据病原种类及细菌药物敏感试验结果选用抗菌药物。在开始抗菌治疗前，应及时留取相应合格标本（尤其血液）送病原学检测，以尽早明确病原菌和药敏结果，并据此调整抗菌药物治疗方案。

再者，按照药物的抗菌作用特点及其体内过程特点选择用药。各种抗菌药物的药效学（抗菌谱和抗菌活性）和人体药代动力学（吸收、分布、代谢和排出过程）特点不同，因此各有不同的临床适应证。临床医师应根据各种抗菌药物的上述特点，按临床适应证正确选用抗菌药物。

另外，综合患者病情、病原菌种类及抗菌药物特点制订抗菌治疗方案。包括选用品种、剂量、给药次数、给药途径、疗程及联合用药等。轻症感染可接受口服给药者，应选用口服吸收完全的抗菌药物，不必采用静脉或肌内注射给药。重症感染、全身性感染患者初始治疗应予静脉给药，以确保药效；病情好转能口服时应及早转为口服给药。抗菌药物疗程因感染不同而异，一般宜用至体温正常、症状消退后72 - 96小时，特殊情况，妥善处理。

同时，要严格控制抗菌药物的预防性应用。预防用药应有指征，如清洁手术通常不需预防用抗菌药物，仅在特定情况时可考虑预防用药。

此外，联合应用抗菌药物要有明确指征。单一药物可有效治疗的感染，不需联合用药，仅在病原菌尚未查明的严重感染、单一抗菌药物不能控制的需氧菌及厌氧菌混合感染等情况时可联合用药。

最后，要注意抗菌药物在特殊病理、生理状况患者中的应用。如肾功能减退患者、肝功能减退患者、老年患者、新生儿患者