分枝杆菌和芽孢杆菌是两类不同的细菌，它们在多个方面存在明显区别。

从形态特征来看，分枝杆菌是一类细长略弯曲的杆菌，有时呈分枝状生长，细胞壁含有大量脂质，一般不易着色，但经加温或延长染色时间着色后能抵抗酸性乙醇的脱色，故又称抗酸杆菌。而芽孢杆菌是革兰氏阳性菌，通常为直杆状，能产生芽孢，芽孢形态多样，有圆形、椭圆形等，芽孢的位置也有所不同，有的位于菌体中央，有的位于一端。

在培养特性方面，分枝杆菌生长缓慢，营养要求高，需在含有特殊营养物质的培养基上才能生长，例如结核分枝杆菌培养需要含鸡蛋、甘油等的罗氏培养基，一般需要2 - 8周才可见菌落生长。芽孢杆菌生长相对较快，对营养要求不苛刻，在普通培养基上就能良好生长，通常1 - 2天即可形成菌落。

致病性上，分枝杆菌中部分菌种具有致病性，如结核分枝杆菌可引起结核病，侵犯人体多个器官，以肺结核最为常见；麻风分枝杆菌可导致麻风病。芽孢杆菌中，有的是条件致病菌，如蜡样芽孢杆菌，可引起食物中毒；而炭疽芽孢杆菌是重要的致病菌，可引起炭疽病，对人畜危害较大。

抵抗力方面，分枝杆菌对干燥、酸碱有较强抵抗力，但对乙醇、紫外线敏感。芽孢杆菌由于能产生芽孢，芽孢具有很强的抵抗力，能耐受高温、干燥、辐射等不良环境，在自然界可存活数年甚至数十年。

综上所述，分枝杆菌和芽孢杆菌在形态、培养特性、致病性和抵抗力等方面都存在显著差异。